文件名称:
susCovONT:通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道-源码
开发工具:
文件大小: 28kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：可持续发展
通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道。
该管道将名称为的文件夹作为输入，其中包含来自Sars-CoV-2 ONT测序的文件夹fast5_pass和fast5_pass以及fastq_pass sequencing_summary*.txt以及链接条形码和样品名称的CSV文件，并以及_report.csv ，其中包括， 和 。
安装
使用susCovONT/scripts/install.sh安装所有必要的工具和环境。您需要设置INSTALL_DIR的路径，这是安装存储库的路径（包括此存储库），并且 ：
INSTALL_DIR=/home/susamr/Programs/ #Change to your install dir
cd $INSTALL_DIR
git
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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