文件名称:
TE_HaplotypeInference-源码
开发工具:
文件大小: 288mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
详细说明：手动的：
包含的Python和R脚本用于从副本数数据中推断TE单倍型，详见[publication]。详细的Jupyter笔记本以及Rmarkdown文件将引导您实现这些模块，但是本自述文件将简要介绍这些软件包的用法。
对齐数据并生成副本数矩阵：
使用ConTExt [ref]对齐[手稿]中使用的数据，并使用与[HTT]关联的脚本生成副本号和SNP堆积文件。尽管我们建议使用这些方法来生成用于单倍型推断的拷贝数数据，但并非绝对必要。从比对产生等位基因频率并可以从比对的读入深度到TE共有序列的估计拷贝数的任何方法都将是足够的。
必需的是，用于该单倍型推断管道的等位基因拷贝数数据被格式化为一个numpy文件，其尺寸为S x n + 1 x4。其中，S是数据集中的个体数，n是数TE共识中的碱基对数目。矩阵第1维中的每个元素都对应于数据集中的一个个体。第2维的每个元素对应于TE序列中的特定碱基对位置
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