文件名称:
Benchmarking_splice_prediction_tools:基于深度学习的剪接预测工具的基准测试分析脚本，用于使用功能性剪接方法对未知重要性的变体进行分类-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
详细说明：基准熔接预测工具
该存储库包含用于分析手稿“使用功能性拼接分析对深度学习拼接预测工具进行基准测试”的脚本。
用于分析的所有变体和剪接预测分数都包含在variant_scores.xlsx 。数据集是：
ABCA4 NCSS（非规范剪接位点）变体
ABCA4 DI（深度内含子）变体
MYBPC3 NCSS变体
分析脚本
analysis_variants.py
此脚本提供有关数据集中的变体的信息：
变体数量：
非剪接改变变体的数量
剪接变体的数量
位于剪接供体位点（SDS）附近的变体数量
SDS的剪接变体数量
SDS上非剪接改变变体的数量
位于受体供体位点（SAS）附近的变体数量
SAS的剪接变体数量
SAS的非剪接改变变体的数量
在非规范剪接位点的每个位置处的剪接改变非剪接改变变体的数目
confusion_matrix.py
该脚本为分析中使用的每个接头预测工具计算最佳阈值和相应的混淆
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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