文件名称:
nagl:将图卷积网络应用于分子的游乐场-源码
开发工具:
文件大小: 125kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
详细说明：纳格兰
一种将图卷积网络应用于分子的游乐场，重点是学习连续的“原子型”嵌入以及从这些经典的分子力场参数中学习。
该框架主要基于Wang，Fass和Chodera撰写预印本。
安装
可以使用conda安装此框架所需的依赖项：
conda env create --name nagl --file devtools/conda-envs/test_env.yaml
python setup.py develop
注意：目前需要商业上的OpenEye oechem和oequacpac软件包作为依赖项。
剧本
scripts/data-set-generation/openff/run.py一个脚本，将从其SMILES表示中加载一组分子，计算其AM1部分电荷和Wiberg键序（WBO），然后对它们进行腌制以进行功能化。
scripts/training/run.py一个脚本，加载一个训练序列和
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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