文件名称:
DLinkMaP:果蝇连锁图谱管线-源码
开发工具:
文件大小: 32mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-18
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果蝇连锁图谱管线(DLinkMaP)
开发此R代码以基于果蝇合成种群资源(DSPR)的单倍型概率进行定量性状位点(QTL)映射。该代码在果蝇基因组中以10kB的间隔执行线性混合模型分析。基于Dew-Budd等人所述的轮转穿越设计。 (2018年,准备中),随机效应术语包括在月份,循环分组,RIL按月份和交叉中(所有这些默认情况下都包含在软件中)。使用在“ DSPRqtlDataA”中找到的单倍型频率,通过母体/父体组合计算出与所有8 x 8 = 64个创建者相对应的测试创建者概率。该模型包括六个单独的非空模型,分别对应于父效应(作为主要效应和饮食相互作用)发现的加性,显性和完全模型(默认情况下,所有这些模型都包含在软件中)。通过基于模型对数似然的差异以分层方式计算χ2统计量,并基于χ2分布确定p值来进行统计推断。
该软件可以通过计算加性模型的单倍型频率的叉积来进行上位性(基因-基
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