文件名称:
micropipe:使用ONT测序构建高质量细菌基因组的管道-源码
开发工具:
文件大小: 57mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-17
详细说明：microPIPE：使用ONT和Illumina测序进行高质量细菌基因组构建的管道
microPIPE的开发是使用牛津纳米Kong测序与Illumina测序相结合，自动完成高质量的完整细菌基因组组装。
为了构建microPIPE，我们在细菌基因组组装的每个步骤（包括碱基检出，组装和抛光）中评估了几种工具的性能。 使用高质量的ST131大肠杆菌菌株EC958（GenBank：HG941718.1）验证每个步骤的结果。 在评估了每个步骤之后，我们选择了最佳工具组合，以实现最一致和最优质的细菌基因组装配。
下面的工作流程总结了管线的不同步骤（使用每个选定的工具）和大概的运行时间（使用GPU碱基检出，对在R9.4 MinION流通池上测序的12个大肠杆菌分离株进行平均）。 虚线框对应于管道中的可选步骤。
Micropipe已用Nextflow编写，并使用奇异容器。 它可以同时使用GPU和CP
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