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文件大小: 14kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-17
详细说明：Brkljacic_TE_paper_scripts
该存储库包含用于Brkljacic等人进行分析的脚本，“质粒存储库中转座因子的频率，组成和迁移性”
脚本名称包括指示运行顺序的数字。 分析是在实现PBS的超级计算机系统（俄亥俄州超级计算机中心）上进行的，因此脚本顶部的指令特定于PBS系统。
脚本假定目录包含data /和scripts /。 data /包含gen10和gen70 .fastq.gz文件scripts /包含以下描述的脚本。 每个命令都可以直接在此脚本/目录中运行，也可以作为计算作业运行。
1_trim.sh运行Trimmomatics修剪适配器序列和低质量末端。
2_pmrk_alignment.job下载pm-rk参考基因组并清理。 然后使用此参考将gen10和gen70数据与HiSat2对齐。
3_sort.job使用samtools对对齐输出进行排序
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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