文件名称:
phyloweb:Web应用程序,使用登录号作为输入并使用RAxML进行树推断来推断系统树-源码
开发工具:
文件大小: 464kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-16
详细说明:Phyloweb
Phyloweb是一个Web应用程序,用于基于登录号创建系统发育树。 这分3个步骤执行:
使用Entrez从NCBI服务器检索序列
使用Clustal Omega或MAFFT进行多序列比对
使用RAxML推断系统树
先决条件:
Python 3.x
conda
设定说明
为了设置应用程序,您需要安装conda。
使用以下方法创建环境:
conda create -n phyloweb -c conda-forge -c bioconda snakemake python=3.8.3 -y
conda activate phyloweb
创建并激活后,运行install.sh脚本
chmod +x install.sh
./install.sh
最后,使用以下命令运行该应用程序:
flask run
该应用程序将在端口5000( )的本地主机上提供。
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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