文件名称:
一种基于概率模型的RNA-Seq数据分析方法
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文件大小: 449kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-16
详细说明：RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术，该技术正成为分析基因表达水平的重要实验手段。真核生物中普遍存在的选择性剪切导致从RNA-Seq读段到参考序列存在剪切异构体多源映射，并且读段在参考序列上呈非均匀分布，这都给剪切异构体表达水平的计算带来挑战。本文基于文本数据与RNA-Seq数据在结构上具有的高度相似性，将文本数据分析中流行的概率模型LDA应用于RNA-Seq数据分析，设计了NU-LDA模型以测量读段在非均匀分布情况下基因和剪切异构体的表达水平。通过采用真实实验数据进行验证并与其他方法进行对比，本文设计的模型获得了较为准确的计算结果。
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