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文件名称: 一种基于概率模型的Affymetrix外显子芯片原始数据分析方法
  所属分类: 其它
  开发工具:
  文件大小: 493kb
  下载次数: 0
  上传时间: 2021-03-16
  提 供 者: weixin_********
 详细说明:许多人类疾病与基因的选择性剪切密切相关,Affymetrix外显子芯片近年来被广泛应用于测量基因选择性剪切。由于外显子芯片基于杂交技术进行设计,实验数据中存在大量来源于非特异性杂交的噪声,并且由于选择性剪切导致一个探针往往对应多个剪切异构体,这都给剪切异构体表达水平的计算带来了挑战。本文提出了基于伽玛分布的概率模型GME,进行剪切异构体以及基因表达水平的计算。该模型利用已知的基因剪切异构体与探针的对应关系,模拟探针灰度信号的产生,从而有效测量基因选择性剪切,并降低噪声影响。通过采用真实实验数据进行验证以及与传统方法进行比较,本文设计的GME模型获得了较为准确的计算结果。
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