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文件大小: 870kb
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上传时间: 2021-03-16
详细说明：分析宿主体内HIV表面蛋白的插入/缺失（插入/缺失）突变
该项目包含部分（不是全部）脚本，这些脚本用于生成我的硕士论文中呈现的结果。 就背景而言，gp120蛋白存在于HIV表面，负责使HIV进入并感染我们自己的身体细胞。 该管道用于获取约25,000个HIV基因序列，对其进行处理，使用MCMC /贝叶斯推理来重建进化历史（系统树），并对indel突变的速率进行建模（Hamiltonian Monte Carlo； RStan；分层建模）。
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