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搜索资源列表

  1. MDAnalysis

  2. MDAnalysis 分析分子动力学轨迹 MDAnalysis-0.7.2.tar.gz MDAnalysis is an object-oriented python toolkit to analyze molecular dynamics trajectories generated by CHARMM, Gromacs, NAMD, LAMMPS, or Amber. It allows one to read molecular dynamics trajectories and a

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2011-05-07
    • 文件大小：18874368
    • 提供者：kamo54

  1. NAMD入门教程

  2. 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwe

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2013-05-14
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：u010696678

  1. mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库.zip

  2. mdanalysis, MDAnalysis是用于分析分子动力学轨迹的python 库 MDAnalysis存储库自述文件 [*] 美国的 MDAnalysis是一个用于分析各种流行的模拟软件包的分子动力学轨迹，包括 DL_Poly 。CHARMM 。琥珀。NAMD 。LAMMPS和。 (

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：50331648
    • 提供者：weixin_38744375

  1. mdtraj, 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库.zip

  2. mdtraj, 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库 只需几行 python 代码即可读取。写入和分析MD轨迹。使用 MDTraj，你可以每一个可以想象的( pdb，xtc，trr，dcd，binpos，netcdf，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：18874368
    • 提供者：weixin_38743506

  1. mdtraj, 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库.zip

  2. mdtraj, 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库 一种用于分子动力学轨迹分析的开放式开放库 只需几行 python 代码即可读取。写入和分析MD轨迹。使用 MDTraj，你可以每一个可以想象的( pdb，xtc，trr，dcd，binpos，netcdf，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-10-10
    • 文件大小：18874368
    • 提供者：weixin_38743968

  1. seams-core:d-SEAMS C ++核心引擎-源码

  2. d-SEAMS 分子模拟的递延结构解析分析 检查我们的构建状态。 文档本身在并且开发仍在 我们还有用于评论，推荐和教程之类的用户贡献 轨迹托管。 我们的 \ brief d-SEAMS的C ++核心，一种分子动力学轨迹分析引擎。 \ note 描述了示例以及如何获得数据集（轨迹）。 \ warning如果您不愿意使用nix构建系统，那么请注意，您必须手动管理依赖项，包括编译器版本。 引文 这已经发表在 您也可以阅读 如果您使用此软件，请引用以下内容： Goswami, R., Goswam

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42159267

  1. CNN：一个用于通用邻域聚类和核心集马尔可夫状态模型估计的Python程序包-源码

  2. 共同近邻（CNN）聚类 笔记 该项目目前处于Alpha状态。 将来可能会更改实现。 检查示例和文档以获取最新信息。 集群 所述cnnclustering Python包提供了一个灵活的接口聚类算法使用C ommon-Ñearest-Ñeighbours。 虽然该方法可以应用于任意数据，但此实现是在“分子动力学”模拟的处理轨迹背景之前完成的。 在这种情况下，聚类结果可以作为构建核心集马尔可夫状态（cs-MSM）模型的合适基础，以捕获潜在分子过程的基本动力学。 有关用于cs-MSM估计的工具，请参考

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-23
    • 文件大小：24117248
    • 提供者：weixin_42109925

  1. 套件-源码

  2. BKiT BKiT是一个Python软件包，用于使用分析分子动力学（MD）轨迹。 说明文件： : 源代码： : 错误报告： ：

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-14
    • 文件大小：33792
    • 提供者：weixin_42107374

  1. mdnetworktools：MDNetworkTools是一个python软件包，可直接从分子模拟中构建动态网络-源码

  2. MDNetwork工具 MDNetworkTools是一个多合一的python程序包，可直接从分子动力学轨迹构建网络。 此外，该软件还提供了用于网络分析（社区检测和次优路径计算）以及可视化的功能。 MDNetworkTools的核心是利用多个Python模块。 轨迹和拓扑处理由MDTraj完成，而网络生成算法通过Numba软件包采用jit编译方法。 目前，只有网络生成方法才能受益于Numba的提速，尽管将来的版本可能会将其扩展到网络分析算法。 请参阅必需的软件包以获取必需软件的完整列表。 必需的

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-11
    • 文件大小：46080
    • 提供者：weixin_42117116

  1. 咖啡磨：分子动力学轨迹分析工具-源码

  2. 咖啡研磨机 Mjolnir / CafeMol用户的命令行工具。 用法 mill具有以下模式。 help模式 calc模式 traj模式 dcd模式 pdb模式 ninfo模式 每个模式都有其自己的命令。 要查看每个命令的用法和说明，请运行以下命令。 $ mill help [mode] [command] or $ mill [mode] [command] help 例如 $ mill calc rmsd help Info : ___ __ __

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：121856
    • 提供者：weixin_42118056

  1. mdtoolbox：MDToolbox：用于分子动力学轨迹统计分析的MATLABOctave工具箱-源码

  2. mdtoolbox：MDToolbox：用于分子动力学轨迹统计分析的MATLABOctave工具箱

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-03
    • 文件大小：251904
    • 提供者：weixin_42137723

  1. 使用pip或者conda安装mdtraj失败解决办法

  2. MDTraj MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。简单的说就是可以用来对轨迹进行分析，可以通过计算rmsd和rmsf值来判断轨迹的偏移等一系列操作。在2019年出的1.9.3中还包含了计算rmsf功能。所以有计算rmsf的需要的话最好还是安装1.9.3版本。 安装mdtraj需要先安装一些环境依赖numpy和cython。且版本最好更新一下，不然旧版本里

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-20
    • 文件大小：54272
    • 提供者：weixin_38674569