河水牛基因损益分析及阳性选择 该存储库包含自定义脚本，以分析CAFE基因的得失结果。 这些脚本已在论文“水牛在蛋白质降解，嗅觉受体，排毒和免疫系统中的适应性特征”中使用。 它还包含MHC基因坐标。 CAFE分析 运行包含OrthoFinder的synteny管道之后，完成CAFE，然后执行以下操作： 在CAFE中测试不同的模型，然后选择最佳模型。 导入CAFE结果以执行GO，KEGG和Reactome富集分析。 查找所有分支和水牛分支的具有统计上显着的基因损益的基因家族。 MHC坐标分析