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搜索资源列表

  1. 生物信息学中的计算机技术

  2. 生物信息学中的计算机技术 原书名： Developing Bioinformatics Computer Skills 生物信息学是一门正在迅速发展的科学，它使用计算和分析方法来解决生物学问题。当前，基因组测序项目正在处理着来自许多不同生物体的大量生物学数据，并且，越来越多地把这些数据保存在公共数据库中。即使是该领域中最积极的研究者，也不可能离开计算机工具的帮助进行工作。生物信息学研究的就是如何建立这些工具。 本书以一种清晰、活泼的方式，全面介绍了生物信息学领域中最重要的一些主题。本书介绍并解

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2009-12-27
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：plmoknhlg

  1. 基于人工神经网络数据挖掘的生物信息分析软件 源代码 Java

  2. 在这里，以Java为程序设计语言，运用强大的JDK工具包，在Eclipse3.2的平台上，以基因数据为研究对象，设计出一款基于人工神经网络数据挖掘的生物信息分析软件。根据基因数据结构，对基因序列的碱基进行编码变换；用户则根据自己的需求通过人机交互界面来自定义网络某些参数，将样本基因数据传入到神经网络当中，继而进行有限次迭代处理，不断调整分布处理单元的连接强度。最后将目标基因数据输入到已经锻炼好的网络中，来对目标基因的未知序列进行预测。运行结果：软件能够无误的运行，且能够较好的对基因序列进行预测

  3. 所属分类：网络基础

    • 发布日期：2010-11-04
    • 文件大小：13312
    • 提供者：yun123jjg

  1. 华大生物信息教程

  2. 华大生物信息学习资料！阅读学习很有帮助！

  3. 所属分类：教育

    • 发布日期：2013-07-11
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：tangsha1986

  1. 生物信息学编程使用Python

  2. 生物信息学利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对，基因识别，基因重组，蛋白质结构预测，基因表达，蛋白质反应的预测，以及建立进化论的模型。

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2014-06-01
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：xr1064

  1. 生物信息学中的常规分析工具课件

  2. 这是有关生物信息学中用到的工具的说明书， 里面有很详细的介绍和图文。

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2009-03-01
    • 文件大小：3145728
    • 提供者：nibayahai0824

  1. TBtool-生物信息学的技术分析

  2. 可以查找基因序列以及做一些有关基因的东西,该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分... TBtools-生物信息分析 是一种很实用的工具

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-03-22
    • 文件大小：53477376
    • 提供者：sbksw

  1. bio-tools:小型，单一用途的生物信息学工具的集合-源码

  2. 生物工具 小型，单一用途的生物信息学工具的集合。 内容 bold2qiime 命令行脚本，用于将格式的数据下载转换为的未对齐fasta和分类法文件，以供q2-feature-classifer使用。 目前正在提取COI-5P序列并在格式化之前推断王国。支持任何纯文本的定期定界文件以及多页excel文件作为输入。 用法： bold2qiime.py -h

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-18
    • 文件大小：17408
    • 提供者：weixin_42134143

  1. joe-benthos:胡德运河和圣胡安eDNA序列数据的生物信息学管道-源码

  2. 乔·本索斯 概括 最初尝试重现和扩展胡德运河和圣胡安群岛eDNA数据的分析。 上提供了原始数据和原始生物信息学管道。相关的海洋酸化项目和管道可。 初始方法和结果 工作流程 从Gannett检索数据 运行MultiQC 使用解复用样本 dada2的去噪和滤波序列 使用Insect 1.2分配分类单元 要重现此工作流程，请参见 目录结构 /analysis/用于分类单元分配数据整形，数据探索和可视化的代码。 /all.the.useful.tables/分类单元分配和数据整形的输出表。 /code

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-11
    • 文件大小：40894464
    • 提供者：weixin_42132056

  1. MultiQC:将来自多个样本的生物信息学分析的结果汇总到一个报告中-源码

  2. 将多个样本的生物信息学结果汇总到一个报告中 在查找和 MultiQC是一种工具，用于创建具有交互式图表的单个报告，以对多个样本进行多种生物信息学分析。 MultiQC用Python编写（已通过v3.6 +测试）。 它可以在以及通过使用。 通过扫描给定目录以查找可识别的日志文件来生成报告。 解析这些文件，并生成一个HTML报告，其中总结了所有找到的日志的统计信息。 MultiQC报告可以在一个图中描述多个分析步骤和大量样品，并且多个分析工具使其成为常规快速质量控制的理想选择。 MultiQ

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42102713

  1. awesome-bioinformatics-benchmarks:精选的生物信息学基准测试论文和资源清单-源码

  2. 很棒的生物信息学基准 精选的生物信息学基准测试论文和资源。 这种格式的功劳是肖恩·戴维斯（Sean Davis）的资料库，而 Ming Tang）的资料库。 如果您的基准研究尚未包含在此列表中，请提出。 内容 收录论文规则 论文必须是3种或更多工具/方法的客观比较。 论文一定很棒。 此列表并不是要编入历史记录，而只是列出那些特别广泛，做得好和/或提供独特见解的基准研究。 通常不应从作者那里发表论文来说明为什么他们的工具/方法比其他方法更好。 基准测试数据应该公开可用，或者模拟代码/方

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：36864
    • 提供者：weixin_42109732

  1. learning-bioinformatics-at-home:学习生物信息学的资源-源码

  2. 在家学习生物信息学 和其他贡献者收集了一些资源，以帮助人们在家学习生物信息学工具（基本的和专业的）。 表中的内容 的Unix 介绍 ：假设没有任何以前的经验，则每天直播生物信息学课程。 中间的 先进的 流程替代 一线生物信息学 [R 介绍 ：Dana Farber的Rafael Irizarry的课程 ：DESeq2和其他R包的作者Mike Love编写的教程 中间的 ：基因组规模测定的结构，注释，归一化和解释（免费edX课程） ：由Tidyverse和其他许多东西的开发者Hadley Wi

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：4096
    • 提供者：weixin_42160252

  1. bpipe：Bpipe-用于运行和管理生物信息学管道的工具-源码

  2. 欢迎来到布珀 Bpipe提供了一个平台，用于运行大型生物信息学工作，该工作平台由一系列处理阶段（称为“管道”）组成。 2021年1月-新！ 发布了！ 下载 （Google论坛） Bpipe已发表在！ 如果您使用Bpipe，请引用： Sadedin S，Pope B和Oshlack A，Bpipe：用于运行和管理生物信息学管道的工具，生物信息学 为什么是布珀？ 许多使用生物信息学数据的人最终都将工作作为外壳程序脚本运行。 尽管这使它们易于运行，但有很多限制。 例如，脚本中途失败时，通常

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-04
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：weixin_42171132

  1. 生物信息学工具：用于生物信息学和基因组学研究的有用算法和脚本的集合-源码

  2. 生物信息学工具 为生物信息学和遗传学研究编写的有用算法和脚本的集合。 要求 Python 3.7以上 目录 结盟 为核苷酸和氨基酸序列找到最佳局部或全局比对的程序。 global_align.py 比对两个核苷酸序列的Needleman-Wunsch算法。 用法 global_align.py [fasta] -m [match] -s [mis] -d [indel] 必填参数 fasta：包含用于比对的序列数据的文件，用“>”表示 -m / --match：每次比赛的比对得分

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：27648
    • 提供者：weixin_42156940

  1. ClusterFlow：一种流水线工具，用于自动化和标准化集群环境中的生物信息学分析-源码

  2. 用户友好的生物信息学工作流程工具 在找到包含信息和示例的Cluster Flow文档。 Cluster Flow是在高性能集群环境中自动化和标准化生物信息学分析的流水线工具。 它被设计为易于使用，快速设置和灵活配置。 群集流是用Perl编写的，通过将作业启动到群集来工作（也可以在本地运行）。 每个作业都是围绕感兴趣的生物信息学工具的独立Perl可执行包装。 模块收集大量的日志记录信息，并且“集群流”向用户发送电子邮件，其中包含管道命令的摘要以及完成后的退出代码。 安装 您可以在上找到要下

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42103128

  1. EBT：进化生物信息学工具包（EBT）-源码

  2. 进化生物信息学工具包 大量的脚本为序列数据的进化分析提供了计算帮助。 内容 。 您要在基础核苷酸序列上进行氨基酸比对。 。 您有两组或更多组序列，它们彼此对齐但位于单独的FASTA文件中，并希望识别这些组表现出差异的位点。 您希望将对齐的核苷酸FASTA文件中每个变量位置的每个核苷酸的数量（和比例）制成表格。 。 您要计算两个核苷酸序列之间的p距离。 。 您想对所有k-mers进行比对，以获得一个比对的序列及其基因。 。 您要确定对齐的核苷酸FASTA文件的共有序列和/或I

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：78848
    • 提供者：weixin_42107491

  1. Perl-for-Bioinformatics：尝试帮助有兴趣将Perl用于生物信息学的任何人-源码

  2. 用Perl编写的生物信息学工具 这里的大多数脚本是在我从事不同项目时编写的，我认为这对其他人将很有用，并且可以根据需要进行扩展/修改。 IO ::常规 脚本使用自定义 Perl模块。 请通过浏览目录查看安装说明。 如果要安装lncRNApipe Pipeline，则会自动安装IO::Routine模块。 需要Bio::SeqIO模块已安装且可用。 nc lncRNA管道 从头开始提取推定的新型lncRNA的管道，其中提供了从深度测序数据（例如：RNA-Seq）和注释数据组装而成的GT

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：340787200
    • 提供者：weixin_42178963

  1. 山核桃：预测生态系统分析仪（PEcAn）是一个集成的生态生物信息学工具箱-源码

  2. 我们的愿景 最佳可用数据和模型为生态系统科学，政策和管理提供了信息 我们的任务 开发和推广可访问的工具，用于可复制的生态系统建模和预测 什么是PEcAn？ 预测性生态系统分析仪（PEcAn）（请参阅 ）是一个集成的生态生物信息学工具箱（Dietze等，2013； LeBauer等，2013），它包括：1）科学的工作流程系统，用于管理大量的公众可用环境数据和2）贝叶斯数据同化系统，以在最新的生态系统模型中综合此信息。 这个项目的动机是，有关全球变化的许多最紧迫的问题并不一定受到收集新数据的需求以

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：60817408
    • 提供者：weixin_42171132

  1. hotmap：用于大数据和生物信息学的WebGL Heatmap Viewer-源码

  2. 热点地图 使用香草JS编写并使用构建的，用于生物信息学和大数据的WebGL热图查看器。 一些功能 平移，缩放，缩放和调整大小 拖放行/列 SVG下载 各种颜色/装箱选项[待扩展] 搜索 单元格/行/列选择 元/分类数据显示 更新API 翻转轴 可定制的工具提示 全屏按钮 为什么？ 我想创建一个易于使用的热图查看器，并将其缩放到数百万个单元格。 原型用法 全球 添加所需CSS / JS： [removed]</scr ipt

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：5242880
    • 提供者：weixin_42109925

  1. BIOLITMAP：牛津大学生物信息学中的论文“ BIOLITMAP：基于网络的生物信息学出版物的地理定位和时间可视化”的代码-源码

  2. BIOLITMAP：基于Web的生物信息学出版物演化的地理位置和时间可视化 描述 基于Web的生物信息学研究的地理定位和时间可视化的代码（BIOLITMAP）： ://socialanalytics.bsc.es/biolitmap/。 论文被牛津生物信息学接受。 目录结构 与2017年12月一样，在/ data中存储了BIOLITMAP SQL数据库的导出。 在/ scr ipts中，存储了用于NLP任务的工具 / scr ipts / src存储与NLP，聚类，主题建模和困惑分析任务相

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42116585

  1. bio-ansible：使用ansible + Lmod部署生物信息服务器的概念证明-源码

  2. 生物Ansible 生物信息学不是系统管理员吗？请运行剧本并重新开始工作！ 内容 快速开始 假设您知道如何启动新的实例以及如何安装和操作 。 启动虚拟机（AWS，NeCTAR，OpenStack等） 设置您的 编辑hosts文件以添加VM IP地址，编辑group_vars/all文件以将main_guy和sudo_guy更改为用于登录到远程计算机的用户名。 ansible-playbook -i hosts all.yml 介绍 这种生物功能强大，因为它可以从头开始建立专注于生物信息学（

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-31
    • 文件大小：146432
    • 提供者：weixin_42144707
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