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尼古丁 SNiPgenie是用于从原始读取数据进行微生物变异调用和系统发育分析的工具。 它最初被编写为与牛分枝杆菌的细菌分离物一起使用，但可以应用于其他物种。 您需要高质量的参考基因组来进行比对。 鼓励对使用该软件感兴趣的任何人提出有关改进或添加功能的建议。 该软件是用Python编写的。 它是在Ubuntu linux上开发的，但设计为也可以在具有独立应用程序的Windows 10上运行。 GUI是使用PtSide2使用Qt工具包制作的。 当前功能 加载多个fastq文件并一起处理 查看f

DIETFITS_GutMicrobiota可塑性 DIETFITS研究中的肠道菌群分析； 发现可塑性（可变性）对于持续减肥很重要。 可在找到《科学报告》中的手稿。 这个github项目包含Grembi，Nguyen，Haggerty，Gardner，Holmes和Parsonnet进行的DIETFITS肠道菌群研究的分析文件。 这些文件包括： dada2_pipeline.R-此文件包含从原始FASTQ文件转到扩增子序列变异（ASV）表（类似于通用OTU表，但具有单独的未分组序列）的脚本

Fastq过滤器