基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线 介绍 该管道基于用于分割的CellProfiler（ ，已测试v4.0.6）和用于像素分类的Ilastik（ ，已测试v1.3.5）。 通过使用专门开发的imctools python软件包（ ，> v2.1）以及自定义CellProfiler模块（ ，版本v4）可以简化此过程.2.1）。 该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序，我们建议使用Snakemake实现： : 该管道是在苏黎世大学的Bo