QCovid 提交给ENA的SARS-CoV-2测序和装配数据的QC管道。 该代码的作用是什么？ 提供有关参考基因组中是否覆盖的基本QC信息。 提供共识程序集的掩码，显示大多数读取支持哪些碱基（比例是一个参数） 因此，处理分为两个流 对于每个样品，图谱读取到不具有读取支持的参考和标记位置。如果用户提供了所用引物组的信息，则可用来推断哪些扩增子丢失。 如果用户未提供引物信息，则一般的伪引物窗口是整个基因组的图块，我们将测量哪些已被丢弃。 根据共识程序集，map读取到没有读取支持的共识和掩码