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常用生物数据分析软件
第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍...........................................................................................................1 1.1 远程登陆..............................................................................................................
所属分类:
嵌入式
发布日期:2010-08-04
文件大小:6291456
提供者:
shambalas
数据算法 Hadoop Spark大数据处理技巧
《数据算法:Hadoop/Spark大数据处理技巧》介绍了很多基本设计模式、优化技术和数据挖掘及机器学习解决方案,以解决生物信息学、基因组学、统计和社交网络分析等领域的很多问题。这还概要介绍了MapReduce、Hadoop和Spark。, 主要内容包括:, ■ 完成超大量交易的购物篮分析。, ■ 数据挖掘算法(K-均值、KNN和朴素贝叶斯)。, ■ 使用超大基因组数据完成DNA和RNA测序。, ■ 朴素贝叶斯定理和马尔可夫链实现数据和市场预测。, ■ 推荐算法和成对文档相似性。, ■ 线性回
所属分类:
Hadoop
发布日期:2018-03-17
文件大小:180355072
提供者:
tianshan2010
生信分析脚本
RNA数据格式转换脚本 在linux系统上使用python进行RNA数据格式转换
所属分类:
专业指导
发布日期:2018-04-16
文件大小:7168
提供者:
liying61087
RNA数据分析
Recent studies have shown that high-throughput RNA sequencing (RNA-Seq) can be used to address biological problems that were challenging using previous techniques. RNA-Seq promises a comprehensive picture of the transcr iptome allowing for the compl
所属分类:
算法与数据结构
发布日期:2018-05-01
文件大小:1048576
提供者:
fengwanwan2017
RNA Sequence, Structure, and Function Computational and Bioinformatic Methods
二代测序原理涉及RNA测序,RNA结构和RNA功能计算以及RNA数据分析处理的生物信息学方法。
所属分类:
医疗
发布日期:2018-05-25
文件大小:12582912
提供者:
ruan_wei_dong
数据算法 Hadoop Spark大数据处理技巧
《数据算法:Hadoop/Spark大数据处理技巧》介绍了很多基本设计模式、优化技术和数据挖掘及机器学习解决方案,以解决生物信息学、基因组学、统计和社交网络分析等领域的很多问题。这还概要介绍了MapReduce、Hadoop和Spark。 主要内容包括: ■ 完成超大量交易的购物篮分析。 ■ 数据挖掘算法(K-均值、KNN和朴素贝叶斯)。 ■ 使用超大基因组数据完成DNA和RNA测序。 ■ 朴素贝叶斯定理和马尔可夫链实现数据和市场预测。 ■ 推荐算法和成对文档相似性。 ■ 线性回归、Cox回归
所属分类:
spark
发布日期:2018-06-01
文件大小:104857600
提供者:
luofazha2012
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
RNA-seq数据分析实用方法,包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
所属分类:
医疗
发布日期:2018-10-11
文件大小:10485760
提供者:
weixin_41960569
RNA生物信息学
包含:RNA二级和三级结构预测、绘制和编辑,以及推断rna-rna相互作用的主要计算算法;高通量RNA测序数据分析;用于RNA数据分析的Web资源
所属分类:
医疗
发布日期:2018-10-11
文件大小:19922944
提供者:
weixin_41960569
RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip
RNA-seq数据分析实用方法, 介绍了RNA-seq分析的很多方法,比如edgeR,limma包等。
所属分类:
讲义
发布日期:2020-03-28
文件大小:10485760
提供者:
goghaaie
基于双加权法的RNA-seq数据的标准化
基于双加权法的RNA-seq数据的标准化,吴小惠,赵闯,不同实验条件下高通量测序数据的标准化是整个高通量数据分析与处理的重要部分,是进行基因结构识别和差异表达分析的前提与基础,
所属分类:
其它
发布日期:2020-02-26
文件大小:403456
提供者:
weixin_38695159
组分矢量方法与小亚基核糖体RNA方法构建进化树的对比
组分矢量方法与小亚基核糖体RNA方法构建进化树的对比,叶远浓,郭锋彪,生物进化研究是生物学的一个重要研究分支,随着生物技术发展和生物序列数据库数据的快速增长,出现了许多推断生物之间进化关系的
所属分类:
其它
发布日期:2020-02-07
文件大小:632832
提供者:
weixin_38723027
基于肿瘤RNA-Seq数据识别融合基因的算法研
基于肿瘤RNA-Seq数据识别融合基因的算法研,陈琦,陈晓平,融合基因是指因染色体异常导致的两个独立基因拼接融合所形成的嵌合基因,其与癌症的发生有着重要的联系,检测融合基因为癌症的诊
所属分类:
其它
发布日期:2020-01-02
文件大小:260096
提供者:
weixin_38718690
半监督特征提取,用于RNA-Seq数据分析
半监督特征提取,用于RNA-Seq数据分析
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-24
文件大小:287744
提供者:
weixin_38600460
SOAPfuse:一种从配对末端RNA-Seq数据中识别融合转录本的算法
SOAPfuse:一种从配对末端RNA-Seq数据中识别融合转录本的算法
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-19
文件大小:1048576
提供者:
weixin_38751537
neoepiscope:从使用肿瘤正常DNA-seq数据检测到的阶段性体细胞突变预测新表位-源码
新表镜 neoepiscope是一种经过同行评审的开源软件,可从DNA测序(DNA-seq)数据预测新表位。大多数新表位预测软件界限注意从最多一个体细胞突变而产生的新表位,往往只是一个SNV, neoepiscope的用途组装单倍型输出从一个以上的体细胞突变而产生也枚举的新表位。 neoepiscope还考虑了插入缺失的移码,并允许使用种系变体个性化参考转录组。 笔记 neoepiscope v0.2.x有一个严重的错误,其中纯合变体不与杂合变体分阶段。请更新到最新版本。 执照 neoepi
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-18
文件大小:415236096
提供者:
weixin_42131276
一种基于概率模型的RNA-Seq数据分析方法
RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术,该技术正成为分析基因表达水平的重要实验手段。真核生物中普遍存在的选择性剪切导致从RNA-Seq读段到参考序列存在剪切异构体多源映射,并且读段在参考序列上呈非均匀分布,这都给剪切异构体表达水平的计算带来挑战。本文基于文本数据与RNA-Seq数据在结构上具有的高度相似性,将文本数据分析中流行的概率模型LDA应用于RNA-Seq数据分析,设计了NU-LDA模型以测量读段在非均匀分布情况下基因和剪切异构体的表达水平。通过采用真实实验数据进行验
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-16
文件大小:459776
提供者:
weixin_38569166
Intro-to-rnaseq-hpc-salmon-flipped:批量RNA序列介绍-源码
使用高性能计算(HPC)的RNA-seq简介 观众 所需的计算能力 期间 生物学家 没有 3节在线研讨会(约7.5个小时,由讲师指导) 描述 该资料库提供了为期2天的RNA测序数据分析研讨会的教学材料。 该研讨会的重点是教授基本的计算技能,以有效利用高性能计算环境来实现RNA-seq数据分析工作流程。 它包括对shell(bash)和shell脚本的介绍。 除了运行来自FASTQ文件的RNA-seq工作流程以使用Salmon进行数据计数外,研讨会还涵盖了RNA-seq实验设计和数据组织/管理的最
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-16
文件大小:54525952
提供者:
weixin_42171208
具有抗噪凸包的快速鲁棒支持向量机及其在大规模ncRNA数据分类中的应用
支持向量机(SVM)通过在非编码RNA(ncRNA)数据中的应用获得成功的分类性能。 随着ncRNA序列种类和大小的Swift增加,已经开发了几种基于数据分布和轮廓信息的快速SVM方法来减少其时间复杂性。 但是,它们对噪声和班级不平衡问题都很敏感。 本文提出了一种具有抗噪声凸包的快速,强大的支持向量机,用于大规模ncRNA数据分类(称为FRSVM-ANCH)。 FRSVM-ANCH丢弃特征空间中的异常值,并获得不同类别的凸包。 然后,将凸包作为训练数据及其权重用于训练SVM。 由于对噪声的敏感性
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-15
文件大小:4194304
提供者:
weixin_38595356
yeast_data:酵母RNA-seq数据分析-源码
yeast_data:酵母RNA-seq数据分析
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-13
文件大小:646144
提供者:
weixin_42172972
Jia_et_al_Microorganisms_2020:以下是与本文相关的脚本:比较由Xiu Jia,Francisco Dini-Andreote和JoanaFalcãoSalles撰写的基于DNA和RNA数据的装配过程对控制细菌群落
比较基于DNA和RNA数据的组装过程对细菌群落演替的影响 以下是与本文相关的脚本:由Xiu Jia,Francisco Dini-Andreote和JoanaFalcãoSalles撰写的基于DNA和RNA数据的组装过程对控制细菌群落演替的影响的比较。 微生物2020,8(6),798; 分析16S rRNA序列(基于DNA和RNA) 使用以下脚本在环境下工作 社区和统计分析 alpha和beta多样性分析: 总结门的相对丰度: 分析稀有生物: 社区大会分析: 作者 贾秀
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-21
文件大小:1048576
提供者:
weixin_42108778
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