手动的： 包含的Python和R脚本用于从副本数数据中推断TE单倍型，详见[publication]。详细的Jupyter笔记本以及Rmarkdown文件将引导您实现这些模块，但是本自述文件将简要介绍这些软件包的用法。 对齐数据并生成副本数矩阵： 使用ConTExt [ref]对齐[手稿]中使用的数据，并使用与[HTT]关联的脚本生成副本号和SNP堆积文件。尽管我们建议使用这些方法来生成用于单倍型推断的拷贝数数据，但并非绝对必要。从比对产生等位基因频率并可以从比对的读入深度到TE共有序列的估计拷