NW-align is simple and robust alignment program for protein sequence-to-sequence alignments based on the standard Needleman-Wunsch dynamic programming algorithm. The mutation matrix is from BLOSUM62 with gap openning penalty=-11 and gap extension pe
任选一种编程语言,设计一个双序列全局比对的程序。要求:
1) 输入两条蛋白质序列,输出比对结果例如:
Alignment Score: 12345
E E E E E K K K K K A A A A A F F F
E E E E E – – – – – B B B B B F F F
2) 使用BLOSUM62矩阵来对序列中氨基酸符号的match和mismatch打分。
3) 使用动态规划的方法(Needleman-Wunsch算法)。
4) 计算空位(gap)的罚分时,使用仿射空位罚分策
对齐方式
一种使用动态编程(DP)Needleman–Wunsch算法进行酶促步骤序列(ESS)对齐的程序。
该程序可以执行以下对齐:
pair ESS command line pairwise comparisson using DP
dbalign ESSs database(s) alignment using DP
multi ESSs multiple alignment using GA
使用DP