批量ATAC-seq分析管道 Murad博士和博士候选人Klebea Carvalho慷慨地提供了原始脚本。 在6个bash脚本中，此管道执行以下操作： 使用fastqc检查读取质量 使用领结进行Map读取，使用Picard删除重复项，并由于转座酶结合而移位读取 用Homer调用150bp和500bp峰 在副本上运行IDR（不可重复性发现率） 合并峰 用荷马进行计数矩阵 检查阅读质量 首先，制作一个包含要处理的样品名称的前缀文件： ls AT_AC*_R1.fastq.gz | sed