Cytokit：显微镜图像细胞计数工具包

自动细胞计数器 这是什么？ 该存储库提供了一种自动细胞计数算法来对细胞数进行计数，并提供了一个用于进一步手动校正的用户界面。 安装： 该算法已使用Python 3.7实现。 要为此框架安装必要的软件包，请运行： pip install -r requirements.txt 如果您使用的是conda，请先通过以下方式conda install pip ： conda install pip 用法： 要运行单元计数器，用户可以轻松地在终端中输入以下代码。 需要参数： -image：输入

树状SNE t-SNE和层次聚类是探索性数据分析的流行方法，特别是在生物学中。 在加快t-SNE并获得更细粒度结构的最新进展的基础上，我们将两者结合起来创建树SNE，这是一种基于堆叠一维t-SNE嵌入的层次化聚类和可视化算法。 我们还介绍了alpha聚类，它基于多个规模的聚类稳定性，推荐了最佳的聚类分配，而无需预知聚类的数量。 我们证明手写数字图像，血细胞的大规模细胞计数（CyTOF）数据和视网膜细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据对树SNE和alpha聚类的有效性。 此外，为了证

基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线 介绍 该管道基于用于分割的CellProfiler（ ，已测试v4.0.6）和用于像素分类的Ilastik（ ，已测试v1.3.5）。 通过使用专门开发的imctools python软件包（ ，> v2.1）以及自定义CellProfiler模块（ ，版本v4）可以简化此过程.2.1）。 该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序，我们建议使用Snakemake实现： : 该管道是在苏黎世大学的Bo