介绍 nfcore / viralrecon是一种生物信息学分析管道，用于执行组装和宿主内/低频变异检测病毒样品。 该管道支持散弹枪（例如，直接从临床样品直接测序）和基于富集的文库制备方法（例如，基于扩增子的；或基于探针捕获）的短读Illumina测序数据。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 此外，使用AWS云在完整数据集上运行管道的自动化连续集成测试可确保代​​码稳定。 管道摘要