有关基因表达和预测的数学模型，值得研究，主要的的是转录因子对基因的表达

核方法对DNA序列的分类 使用内核方法的机器学习（MVA 2021）-使用内核方法和ML算法从头开始进行DNA序列分类 转录因子（TFs）是调节蛋白，可结合基因组中的特定序列基序来激活或抑制靶基因的转录。 可以使用一些实验技术对全基因组蛋白-DNA结合图谱进行分析，因此对于感兴趣的TF，所有基因组可以分为两类：结合的或未结合的。 在这个挑战中，我们将使用与三个不同TF对应的三个数据集，并预测一个序列是否与TF绑定。

浮石 PUMICE（使用染色质构象和表观基因组学告知的模型进行预测）是一种工具，可创建用于转录组范围关联研究的基因表达预测模型。 具体而言，PUMICE利用组织特定的3D基因组和表观基因组数据来定义包含顺式调节变体的区域，并据此对它们进行优先排序。 入门 PUMICE需要R 4.0和几个R软件包。 先决条件 PUMICE所需的R软件包列表：optparse，data.table，tidyr，tidyverse，dplyr，IRanges，GenomicRanges，genefilter，glmn

Data_Integration_Exercise 初始大纲： Biol722小组研讨会 Meagan Archer Meghan Pepler Sreedevi Kesavan Stephanie Ali Fairbairn 将RNA-seq与ChIP-Seq整合 我们的模型系统简介（可能来自Elliot实验室的数据-将WT与突变菌株进行比较）RNA-seq管道的简要概述我们有计数表-现在呢？ 缩小感兴趣的差异表达基因的范围ChIP-seq工作流程简介处理ChIP-Seq数据将RNA-s