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搜索资源列表

  1. bowtie2-2.1.0-linux-x86_64.zip

  2. RNA-seq分析软件,Bowtie是一个超快的,存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度,将短的DNA序列片段(reads)比对到人类基因组上。Bowtie对参考基因组编纂Burrows-Wheeler索引来保证它具有小型的存储印记(memory footprint):典型的人类基因组需要2.2GB的存储索引(如果是paired-end测序的话则需要2.9GB)
  3. 所属分类:教育

    • 发布日期:2014-01-05
    • 文件大小:14680064
    • 提供者:u013378038
  1. Data.Algorithms.Recipes.for.Scaling.Up.with.Hadoop.and.Spark.1

  2. Learn the algorithms and tools you need to build MapReduce applications with Hadoop and Spark for processing gigabyte, terabyte, or petabyte-sized datasets on clusters of commodity hardware. With this practical book, author Mahmoud Parsian, head of
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2015-01-29
    • 文件大小:31457280
    • 提供者:ramissue
  1. NCBI NOW, Lecture 4, DNA-seq and Basic Variant Analysis.pdf

  2. NCBI NOW, Lecture 4, DNA-seq and Basic Variant Analysis.pdf
  3. 所属分类:讲义

    • 发布日期:2017-03-22
    • 文件大小:595968
    • 提供者:qq_23400083
  1. Ugene,DNA分析工具,ABl,Fasta,Seq

  2. DNA分析工具,ABl,Fasta,Seq,gene,RNA,Primer,Windows平台
  3. 所属分类:spark

    • 发布日期:2018-08-29
    • 文件大小:185597952
    • 提供者:wbadyx
  1. 下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析

  2. CHIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2018-01-25
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:licnyyu
  1. Big Data Analysis for Bioinformatics and Biomedical Discoveries.CRC(2016).pdf

  2. This series aims to capture new developments and summarize what is known over the entire spectrum of mathematical and computational biology and medicine. It seeks to encourage the integration of mathematical, statistical, and computational methods in
  3. 所属分类:Hadoop

    • 发布日期:2019-07-15
    • 文件大小:5242880
    • 提供者:weixin_43348579
  1. BioPython_Tutorial.pdf

  2. Chapter1 Introduction 1.1 WhatisBiopython? TheBiopythonProjectisaninternationalassociationofdevelopersoffreelyavailablePython(http://www. python.org)toolsforcomputationalmolecularbiology.Thewebsitehttp://www.biopython.orgprovides anonlineresourceform
  3. 所属分类:Python

    • 发布日期:2019-08-18
    • 文件大小:871424
    • 提供者:drjiachen
  1. 通过ddRAD标记鉴定哈代橡胶树(Eucommia ulmoides Oliver)中的分子性别

  2. 杜仲(Eucommia ulmoides),也被称为工业上和医学上重要的强硬橡胶树,是杜仲科的唯一品种。 然而,它的雌雄异株特性在很早的发育阶段就阻碍了传统形态学观察的性别识别,从而抑制了繁殖和经济种植。 在这项研究中,双消化限制酶切位点相关的DNA测序(ddRAD-seq)被用于筛选性别相关的分子标记,以进行性别鉴定和性别鉴定系统的研究,分别在20只雄性和雌性E. ulmoides植物中进行。 结果,通过生物信息学分析,确定了183,752个男性和147,122个女性目录基因座中的五个候选男性
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-06-23
    • 文件大小:972800
    • 提供者:weixin_38529951
  1. 改进的主成分分析法对拟南芥基因的分析

  2. 对拟南芥的幼苗进行不同盐浓度的处理,然后提取株系的RNA进行RNA-SEQ分析。为了能够对这些基因数据进行精确的分析,将对拟南芥幼苗的基因数据进行两步处理,首先对这些数据进行评估,包括对这些数据进行极差归一化,做直方图,使得对这些数据有大概的了解;然后提出了改进的主成分分析法的基因分析算法。改进的主成分分析法不仅包含了原始基因数据的全部信息,而且弥补了传统主成分分析法的缺陷,可以处理数据的非线性特征,还反映了数据间的变异信息,使得数据的处理更加简明、准确。结果表明,盐胁迫对拟南芥DNA到RNA(
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-10-17
    • 文件大小:309248
    • 提供者:weixin_38679651
  1. RNA-seq、FPKM和Cuffdiff

  2. RNA-seq RNA-seq即转录组测序技术,是将细胞内mRNA,nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术,RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。 RNA-seq的主要步骤如下:分离RNA——将RNA打断成小片段——RNA反转录为DNA,此后测序手段同DNA测序。 更详细步骤可参考: https://www.jianshu.com/p/d09e624efcab 前文提到RNA-seq的主要目的是得到RNA对应基因的表达丰度
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-06
    • 文件大小:449536
    • 提供者:weixin_38741966
  1. dna-modification-detection:寻找聚合酶停顿和修饰碱基之间是否存在相关性的研究项目-源码

  2. 从SMRT序列识别碱基J 碱基J是在锥虫病中发现的一种糖基化核苷酸,锥虫病是单细胞寄生虫的一个家族,可引起昏睡病,南美锥虫病和利什曼病。 人们认为这种修饰的碱基在这些生物的转录终止中起重要作用。 当前分析Base J的方法仅依赖于anti-J免疫沉淀实验,该实验提供了与Base J位置有关的低分辨率信息。 SMRT-seq在测序过程中会产生辅助信息,该信息已显示出与碱基J的定位有关的信息。 我们探索诸如降维,机器学习和信号处理之类的分析方法,以确定哪些脉冲间持续时间(IPD)模式对应于整个利
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-25
    • 文件大小:66060288
    • 提供者:weixin_42135462
  1. neoepiscope:从使用肿瘤正常DNA-seq数据检测到的阶段性体细胞突变预测新表位-源码

  2. 新表镜 neoepiscope是一种经过同行评审的开源软件,可从DNA测序(DNA-seq)数据预测新表位。大多数新表位预测软件界限注意从最多一个体细胞突变而产生的新表位,往往只是一个SNV, neoepiscope的用途组装单倍型输出从一个以上的体细胞突变而产生也枚举的新表位。 neoepiscope还考虑了插入缺失的移码,并允许使用种系变体个性化参考转录组。 笔记 neoepiscope v0.2.x有一个严重的错误,其中纯合变体不与杂合变体分阶段。请更新到最新版本。 执照 neoepi
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-18
    • 文件大小:415236096
    • 提供者:weixin_42131276
  1. epidecodeR-源码

  2. EpidecodeR epidecodeR,一种R包,能够整合从大量表观基因组学或表观转录组学技术(例如ChIP-seq,ATAC-seq,m6A-seq等)产生的DNA / RNA表观遗传数据,以及以差异基因表达的形式失调的基因列表,核糖体占有率或蛋白质差异翻译,并识别由于与基因相关的不同程度的DNA / RNA化学修饰而导致基因失调的影响。 epidecodeR生成累积分布函数(CDF)图,该图显示了基于与基因相关的修饰程度将基因分为几组之间的总体log2FC趋势的变化。 该工具还测试基因
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-17
    • 文件大小:674816
    • 提供者:weixin_42157166
  1. 预测DNA-蛋白质结合位点的分层注意网络

  2. 发现DNA-蛋白质结合位点(也称为基序发现)是进一步分析转录因子(TF)的基础。 诸如卷积神经网络(CNN)和递归神经网络(RNN)之类的深度学习算法被引入到主题发现任务中,并取得了最新的性能。 但是,这些方法仍然有局限性,例如忽略大规模测序数据中的上下文信息。 因此,受DNA序列和人类语言之间相似性的启发,本文提出了一种基于自然语言处理方法进行文档分类的,用于预测DNA-蛋白质结合位点的分层注意力网络。 所提出的方法在真实的ChIP-seq数据集上进行了测试,并且与两个经过充分测试的基于深度学
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-15
    • 文件大小:501760
    • 提供者:weixin_38674883
  1. GTEx_exploration:来自基因型组织表达项目的RNA-seq数据分析包含自闭症相关重复扩展的基因-源码

  2. GTEx_exploration 基因型组织表达项目的RNA-seq数据分析包含自闭症相关重复序列扩展的基因。 该项目的背景是一项遗传研究,由Trost B.等人在《自然》杂志2020年发表(Trost B,Engchuan W,Nguyen CM,Thiruvahindrapuram B,Dolzhenko E,Backstrom I等人。自闭症中扩增的DNA重复序列,自然[互联网],2020年; 586(十月),可从以下网站: : 。 这项研究显示,在自闭症患者中发现的55个不同基因
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-10
    • 文件大小:8388608
    • 提供者:weixin_42122838
  1. nim-dna-seq:Nim软件包,用于处理核苷酸序列数据-源码

  2. bio_seq 一个用于将核苷酸编码为IUPAC模糊度代码以及写入和读取FASTA文件的库。 基于的核苷酸的8位无符号整数表示形式 对齐解析 对于解析对齐,要求所有FASTA条目都具有相同的长度,否则将引发错误。 解析对齐字符串 import bio_seq let s = ">header1 \n ACTG \n >header2 \n >CTUG" let r = parseFastaAlignmentString (s) 解析对齐文件 import nim_seq l
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-07
    • 文件大小:9216
    • 提供者:weixin_42128988
  1. MSPC:使用来自重复样本的综合证据评估ChIP-seq峰-源码

  2. | | 关于 ChIP-seq样品的分析输出许多富集区域,每个富集区域指示蛋白质与DNA的相互作用或特定的染色质修饰。 当读取的分布与背景显着不同且其对应的显着性度量(p值)低于用户定义的阈值时,将调用富集区域(通常称为“峰值”)。 当分析重复样品时,预期会有重叠的富集区域。 因此,可以将这种重复的证据用于局部降低接受峰所需的最低显着性。 在这里,我们提出了一种联合分析弱峰的方法。 给定一组来自​​(生物或技术)重复的峰,该方法结合了重叠富集区域的p值:用户可以选择一个重叠峰合并显着性的阈值
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-27
    • 文件大小:2097152
    • 提供者:weixin_42138716
  1. 卷云-源码

  2. 卷云NGS 针对全基因组/全外显子组DNA-Seq中RNA-seq,miRNA-seq,ChIP-seq,RNAEditing和变体调用的云优化主分析管道。 介绍 大规模下一代测序(NGS)数据的仿生分析需要大量的计算资源。 尽管云计算按需提供了这样的处理能力,但是动态计算集群的管理对于大多数正在工作的生物学家来说是艰巨的任务。 为了解决这个难题,加利福尼亚大学圣地亚哥分校的计算生物学和生物信息学中心开发了Cirrus-NGS,这是使用Amazon Web Services(AWS)进行常见N
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-16
    • 文件大小:411648
    • 提供者:weixin_42135753
  1. scATAC基准测试:对计算单细胞ATAC-seq方法进行基准测试-源码

  2. scATAC基准测试 使用测序(scATAC-seq)进行转座酶可及性染色质单细胞测定的最新创新可对成千上万个单个细胞的表观遗传学特性进行分析。 scATAC-seq数据分析提出了独特的方法挑战。 scATAC-seq实验采样了DNA,由于其拷贝数低(人中为二倍体),导致固有的数据稀疏性(每个细胞检测到的峰的1-10%)与转录组(scRNA-seq)数据(占10-45%)相比每个细胞中检测到的表达基因)。 数据生成中的此类挑战强调需要信息功能以评估染色质水平的细胞异质性。 我们提出了一个基准框
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-31
    • 文件大小:1073741824
    • 提供者:weixin_42116921
  1. abrfngs2:ABRF NGS II期研究DNA-seq可重复性的分析和图形生成代码-源码

  2. ABRF NGS第二阶段 ABRF NGS II期研究DNA-seq可重复性的分析和图形生成代码
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-31
    • 文件大小:25600
    • 提供者:weixin_42132354
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