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  1. susCovONT:通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道-源码

  2. 可持续发展 通过ONT测序生成共识文件.fasta文件并识别穿山甲谱系和Sars-CoV-2基因组的下一个菌株的管道。 该管道将​​名称为的文件夹作为输入，其中包含来自Sars-CoV-2 ONT测序的文件夹fast5_pass和fast5_pass以及fastq_pass sequencing_summary*.txt以及链接条形码和样品名称的CSV文件，并以及_report.csv ，其中包括， 和 。 安装 使用susCovONT/scr ipts/install.sh安装所有必要的工具和

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42171132

  1. National-genetic-research-center-sars-cov-2-vaccine-and-genomic-recombination-yuhan-xijo-molecular-源码

  2. National-genetic-research-center-sars-cov-2-vaccine-and-genomic-recombination-yuhan-xijo-molecular

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-09
    • 文件大小：323584
    • 提供者：weixin_42129970

  1. coronavirus-covid-19-SARS-CoV-2-IoCs:我收集的所有IOC直接用于冠状病毒covid-19 SARS-CoV-2网络攻击活动-源码

  2. 专门用于抗击冠状病毒大流行的男人和女人。 冠状病毒covid-19-SARS-CoV-2 我收集的所有IoC都直接用于冠状病毒/ covid-19 / SARS-CoV-2网络攻击活动中。 所有IOC均按“原样”提供，在将其部署到生产网络中之前，请使用您自己的验证方法。 请记住，架构是基础，其他所有都是附加层。 增强系统安全性体系结构，减少不希望发生的事件的可能性。 众所周知，APT36使用这种大流行来作为目标。 这些已包括在列表中。 请勿点击任何URL或访问IP地址，它们的当前状态是

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：26214400
    • 提供者：weixin_42129412

  1. SARS-CoV-2-evolution-源码

  2. 组织培养和实验动物模型中的SARS-CoV-2-进化 在组织培养和动物来源的SARS-CoV-2序列上运行后，用于处理，分析和可视化结果的数据和R代码（数据在NCBI SRA数据库中公开发布，位于生物项目PRJNA704947）

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-08
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42132354

  1. SARS-CoV-2-源码

  2. SARS-CoV-2 手稿分析 先决条件 MacOS / Windows / Linux R（3.5.1版） 安装R [典型时间= 5-10分钟] 打开互联网浏览器，然后访问 。 单击页面中间“入门”下的“下载R”链接。 选择一个CRAN位置（一个镜像站点），然后单击相应的链接。 单击页面顶部的“为您的操作系统下载R”链接。 在“文件”下单击包含R的最新版本的文件。 保存.pkg文件，双击以打开它，然后按照安装说明进行操作。 运行分析 对于人类16S rRNA基因测序 所需的输入

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-25
    • 文件大小：29360128
    • 提供者：weixin_42107561

  1. covid-genetic-analysis：Sars-CoV-2六株菌株的计算遗传分析-源码

  2. 共生遗传分析 深入研究生物学和计算机科学的交集，分析Sars-CoV-2如何从动物跃入人类，确定菌株之间的差异以及其如何影响传播，并创建记录病毒进化的系统树。 有生物学经验/课程工作为佳，但不是必需的。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：26214400
    • 提供者：weixin_42171208

  1. ncov-ingest：从GISAID和Genbank提取SARS-CoV-2（即nCoV）数据，对其进行转换，将其存储在S3上并触发Nextstrain nCoV重建的管道-源码

  2. nCoV摄取管道 用于Nextstrain团队摄取和管理SARS-CoV-2基因组序列的内部工具。 这是开源的，但是我们不打算支持外部团体使用它。 在本地运行 如果您使用的是Pipenv（请参见下文），请从./bin/…在pipenv shell运行命令，或将其包裹在pipenv run ./bin/… 。 运行./bin/fetch-from-gisaid > data/gisaid.ndjson 运行./bin/transform-gisaid data/gisaid.ndjson

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-16
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42105169

  1. fection_source：瑞士各州的SARS-CoV-2感染源数据-源码

  2. 来自各州的SARS-CoV-2感染源数据 目前，AG，BS，GE（仅半自动），SZ（仅一个数据项），VS，ZG和ZH的数据可用。 随时间推移的可视化效果在。 提供具有最新条目的可视化效果。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-14
    • 文件大小：35840
    • 提供者：weixin_42181545

  1. type-variants-nf：使用ncov2019-artic-nf管道的输出来检测SARS-CoV-2变体-源码

  2. 类型变量nf 概括 该管道用于运行connor-lab / ncov2019-artic-nf的“ typing”部分，以检测SARS-CoV-2“相关变量”。 用法 nextflow run main.nf \ --variants_dir \ --ref \ --gff \ --yaml \ --outdir \ --prefix 示例输出 输出目录结构： .typing_summary.csv .variant

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：20480
    • 提供者：weixin_42133415

  1. ncov_ism：信息亚型标记（ISM）是大流行病毒遗传分型的有效框架，并将其用于SARS-CoV-2（SARS-CoV-2，这是导致COVID-19的新型冠状病毒）-源码

  2. ncov_ism ：使用信息亚型标记物表征新型冠状病毒SARS-CoV-2的地理和时间动态 ncov_ism （新颖的冠状病毒信息亚型标记）是一种有效的框架，可用于大流行病毒的基因分型，并将其用于SARS-CoV-2（SARS-CoV-2，这是导致COVID-19的新型冠状病毒）。 德雷塞尔大学EESI实验室，2020年维护者：Zhengqiao Zhao，zz374 at drexel dot edu 所有者：Gail Rosen，ece dot drexel dot edu的gailr 最新

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：9437184
    • 提供者：weixin_42175971

  1. T-cell_Project：SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析-源码

  2. T-cell_Project：SARS-CoV-2表位特异性CD4 +和CD8 + T细胞的分析-SmartSeq2单细胞RNA测序。 TCR库分析和scRNA-seq分析

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-10
    • 文件大小：103424
    • 提供者：weixin_42161450

  1. easyseq_covid19：自动分析SARS-CoV-2全基因组测序的管道使用EasySeq SARS-CoV-2COVID-19全基因组测序试剂盒获得的Illumina数据-源码

  2. EasySeq RC-PCR SARS-CoV-2 / COVID-19 变体管道V0.3 目录 基本信息 该github存储库包含一个专用于正确分析EasySeq SARS-CoV-2（COVID-19）序列测序数据的自动化管道。 所有验证均使用149 bp或151 bp配对末端读取完成。 简而言之： 自动化管道可将Illumina EasySeq COVID-19样品分析为变异报告 管道清理Illumina测序数据 使用SARS-CoV-2参考基因组（NC_045512.2） 自定义E

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    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：19922944
    • 提供者：weixin_42153801

  1. covid19_forecast：预测波哥大DC的SARS-CoV-2动态-源码

  2. 预测波哥大DC的SARS-CoV-2动态 来自Uniandes的BIOMAC实验室的贡献者（按字母顺序列出）：Carlos Bravo，Jaime Cascante，Juan Cordovez和Mauricio Santos。 型号卡 我们使用的所有数学模型都可以推断出SARS-CoV-2过去的传播速度（推断的不同假设和方法），并且可以用来预测社区的传播和死亡率。 我们提供4周格式的每日病例和死亡人数范围内的预测。 预测 参数估计 时变接触率$ \ beta（t）$ 参考文献 [1] Ray，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42097914

  1. covid19：SARS-CoV-2分析管道，用于短读，配对末端照明测序-源码

  2. SARS-CoV-2数据分析 SARS-CoV-2分析流程，用于短读，配对末端测序。 安装 是使用bioconda安装所有依赖项的代码的一部分。 make all 准备参考数据库和索引 有一个脚本可以下载和索引SARS-CoV-2和GRCh38参考序列。 cd ref/ && ./prepareREF.sh 还有另一个脚本可用来准备kraken2人类数据库以过滤主机读取。 cd kraken2/ && ./prepareDB.sh 运行数据分析管道 有一个运行脚本可以执行适配器修整，

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42127937

  1. QCovid：提交给ENA的sars-cov-2序列+共识的QC管道-源码

  2. QCovid 提交给ENA的SARS-CoV-2测序和装配数据的QC管道。 该代码的作用是什么？ 提供有关参考基因组中是否覆盖的基本QC信息。 提供共识程序集的掩码，显示大多数读取支持哪些碱基（比例是一个参数） 因此，处理分为两个流 对于每个样品，图谱读取到不具有读取支持的参考和标记位置。如果用户提供了所用引物组的信息，则可用来推断哪些扩增子丢失。 如果用户未提供引物信息，则一般的伪引物窗口是整个基因组的图块，我们将测量哪些已被丢弃。 根据共识程序集，map读取到没有读取支持的共识和掩码

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-08
    • 文件大小：919552
    • 提供者：weixin_42144086

  1. SARS-CoV-2-ORF3d：Nelson等人的补充脚本。 （2020）关于ORF3d的论文-源码

  2. SARS-CoV-2 ORF3d Nelson等人的补充脚本。 （2020）关于SARS-CoV-2 ORF3d的论文： Nelson CW，Ardern Z，Goldberg TL，Meng C，Ku CH，Ludwig C，Kolokotronis SO，Wei X. 2020年。 eLife 9 ：e59633。 DOI：10.7554 / eLife.59633 内容 。 fig1B.bash ORF_length.R 。 aligned_fasta2haplotypes

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：816128
    • 提供者：weixin_42133969

  1. coronavirus-ph-api：:microbe:跟踪菲律宾冠状病毒（COVID-19，SARS-CoV-2）爆发的API-源码

  2. :police_car_light: 已终止且未维护 :police_car_light: 在不可预见的情况下，该国的病例数量有所增加，没有更新。 API将于2020年8月7日停止工作。 冠状病毒-ph（API） :microbe: 跟踪菲律宾冠状病毒（COVID-19，SARS-CoV-2）暴发的API。 终点 所有请求都必须发送到基本URL： https://coronavirus-ph-api.herokuapp.com : https://coronavirus-ph-api.he

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：35840
    • 提供者：weixin_42106299

  1. 协变量：实时更新和有关关键SARS-CoV-2变量的信息，以及生成此信息的脚本-源码

  2. 协变量 SARS-CoV-2兴趣突变和变异 艾玛·霍德克罗夫特（Emma B.Hodcroft） 瑞士伯尔尼大学社会与预防医学研究所 :scroll: 引文 Emma B. Hodcroft. 2021. "CoVariants: SARS-CoV-2 Mutations and Variants of Interest." https://covariants.org/ :handshake: 贡献 可以在此存储库中找到用于生成在看到的数据的代码，主要在scr ipts/文件夹中，该We

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：134217728
    • 提供者：weixin_42097668

  1. go-corona：go-corona是一个Golang客户端库，用于访问全球冠状病毒（COVID-19，SARS-CoV-2）爆发数据-源码

  2. 去电晕 go-corona是一个客户端库，用于访问全球冠状病毒（COVID-19，SARS-CoV-2）爆发数据。 API文档 它使用数据。 您可以在阅读API服务器文档。 可用数据源： JHU - 由约翰霍普金斯大学系统科学与工程中心（JHU CSSE）运营的数据存储库。 更多数据源将在以后添加。 安装 确保已设置环境变量$ GOPATH export GOPATH= " path/to/your/go/folder " 通过以下方式获取go-corona库的最新版本： go get

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：129024
    • 提供者：weixin_42166626

  1. 电晕：逆向工程SARS-CoV-2-源码

  2. 对冠状病毒（SARS-CoV-2）进行反向工程 从这里开始： :thought_balloon: 背景 该项目运用来理解病毒。 此处的目的仅仅是从基本原理理解病毒。 生物学与软件 从根本上说，生物系统是。 虽然不是一个完美的类比，但软件为思考生物学提供了有用的框架。 下表提供了该类比的粗略概述。 :microscope: 生物学 :laptop_computer: 软件 笔记 3字节宽的指令集，带有任意“” 多蛋白是具有多个片段的功能 精度达80％ 这似乎很难预测： : 10.137

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-31
    • 文件大小：608256
    • 提供者：weixin_42112658
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