课例 该存储库显示了如何使用创建课程，它本身就是使用该模板的示例。 有关此材料的渲染版本，请参见 ，包括有关设计，设置和格式的详细说明。 快速说明 不要直接在GitHub上叉这个库。 相反，请按照设置说明中，通过从导入材料来为您的课程创建存储。 创建存储库后，运行bin/lesson_initialize.py创建标准的特定于课程的文件。 您必须在_config.yml编辑多个值，以便GitHub Pages可以正确呈现您的课程。 请阅读以格式化您的资料。 请将课程的主副本保留在存储库的

元基因组学管道-阶段模板 要求 创造新阶段 cookiecutter https://github.com/horothesun/metagenomics-pipeline-stage-template cd cat How-to-integrate-the-stage.md 并按照步骤将其与您的项目集成。

PB-元基因组学工具 欢迎！ 在这里，您可以找到各种适合使用PacBio HiFi Reads进行宏基因组学的工具和管道。 除了当前可用的资源之外，我们将在开发新工具时继续添加新工具。 可用管道 ：（以前称为Genome-Binning-Pipeline ）从HiFi宏基因组学组件中识别高质量的MAG。 简化的工作流程包括minimap2，MetaBAT2，CheckM和GTDB-Tk的步骤。 输出高质量的MAG序列和关联的元数据。 ：为了进行分类学和功能分析，HiFi使用DIAMOND读取

扩增子元基因组工作流程 更新：2021年3月，不再支持管道，因为QIIME在2.0版本中可用，并且不再支持1.9。 概要 该工作流程描述了一系列执行步骤，这些步骤是从样品的扩增子测序结果中提取的原始fastq文件获取到OTU表的，描述了所分析样品的分类学确定摘要。 它使用Snakemake工作流管理系统在Linux命令行上执行。 工作流程 输入文件的质量控制 修剪输入文件 修剪文件的质量控制 加入前转和引荐序列 连接序列的质量控制 簇序列 选择代表性序列 检测并删除嵌合代表序列/簇 分类分类 创