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  1. 基于matlab读取数据用于统计生物学中基因序列值的规律

  2. 这个是基于matlab平台统计H1N1序列的一个小程序,将字符转换成自己所规定的数字,是一个方便易懂的程序
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2010-03-26
    • 文件大小:998
    • 提供者:lizreal
  1. 基因序列的n元统计AGCT

  2. 统计一个动物基因序列中出现的n元序列,从1元到6元
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2010-06-10
    • 文件大小:3145728
    • 提供者:xi_lin_niao
  1. 数据挖掘18大算法实现以及其他相关经典DM算法

  2. 数据挖掘算法 算法目录 18大DM算法 包名 目录名 算法名 AssociationAnalysis DataMining_Apriori Apriori-关联规则挖掘算法 AssociationAnalysis DataMining_FPTree FPTree-频繁模式树算法 BaggingAndBoosting DataMining_AdaBoost AdaBoost-装袋提升算法 Classification DataMining_CART CART-分类回归树算法 Classifica
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2016-01-05
    • 文件大小:225280
    • 提供者:huangyueranbbc
  1. 数据挖掘18大算法实现以及其他相关经典DM算法

  2. 数据挖掘算法 算法目录 18大DM算法 包名 目录名 算法名 AssociationAnalysis DataMining_Apriori Apriori-关联规则挖掘算法 AssociationAnalysis DataMining_FPTree FPTree-频繁模式树算法 BaggingAndBoosting DataMining_AdaBoost AdaBoost-装袋提升算法 Classification DataMining_CART CART-分类回归树算法 Classifica
  3. 所属分类:Java

    • 发布日期:2017-04-08
    • 文件大小:225280
    • 提供者:q6115759
  1. DNAMAN基因编辑软件

  2. naman软件是一款可以帮助您过得研究生物实验数据的应用程序,当您在分析生物序列的时候,使用电脑软件的强大分析技术以及计算能力,可以让您在进行复杂运算以及模拟DNA运行状态的过程中拥有一个可以完美打搭载您数据计算的平台,本软件支持的分析类型非常丰富,包括蛋白质分析、分子研究、引物分析、序列对比研究等模块,让您在研究生物实验数据的时候更加方便;dnaman8(多功能综合序列分析)内置图形分析,您可以将自己的实验数据发布到软件上,利用自动统计以及图表功能获得详细的数据走势分析,为后期的模拟实验提供
  3. 所属分类:软件测试

    • 发布日期:2019-01-17
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_44560062
  1. bioinf-commons:Kotlin中的生物信息学图书馆-源码

  2. 生物常见病 生物信息学图书馆。 内容 org.jetbrains.bio.dataframe像org.jetbrains.bio.dataframe大熊猫 org.jetbrains.bio.experiment命名计算-实验和资源配置 org.jetbrains.bio.genome用于基因组,序列,基因,本体等的API。 containers -基因组位置集API coverage -基因组覆盖率API,配对/单端,片段大小估计 data -描述任何种类的数据集资源,包括重复数据 for
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-22
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_42133969
  1. 使用序列模型学习表型结构

  2. 先进的微阵列技术能够同时监视所有基因的表达水平。微阵列数据分析中的一个重要问题是发现表型结构。目标是:1)找到与不同表型(例如疾病或正常表型)相对应的样品组,以及2)对于每组样品,找到使该组与其他组区别开的代表性表达模式或特征。已经针对该问题提出了一些方法,但是,共同的缺点是所识别的签名通常包括大量的基因,但是辨别力却很低。在本文中,我们提出了ag *序列模型来解决这一局限性,其中基因之间的有序表达值被有效利用。与现有方法相比,所提出的序列模型对噪声更鲁棒,并允许使用更少的基因以更大的判别力发现
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-20
    • 文件大小:2097152
    • 提供者:weixin_38733875
  1. DNAPacManHMM:吃豆人如何预测蛋白质-源码

  2. DNAPacManHMM DNA吃豆人游戏( )可以代表如何生成蛋白质序列(使用隐马尔可夫模型)。我们可以类比HMM在使用Pac-Man生成蛋白质序列的背景下如何工作。您吃的下一个标记/字母是生成蛋白质氨基酸序列的序列中的下一个字母。 本质上,如果我们组织吃豆人板中代表马尔可夫模型中不同隐藏状态的区域,那么吃豆人吃的下一个字母可以代表HMM选择的下一个状态。我们可以更改某个字母可能出现的概率,并且当吃豆人进入隐藏状态时,该概率将发生变化。 我们可以观察人们根据下一个选择的字母,随着人们演奏不
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-19
    • 文件大小:95232
    • 提供者:weixin_42152298
  1. 整合单词的重叠结构和背景信息可显着改善生物序列比较

  2. 基于单词的模型在序列比较中取得了可喜的结果。 然而,作为单词在生物序列中的重要统计特性,如何利用单词的重叠结构和背景信息来改善序列比较仍然是一个问题。 本文提出了一种新的统计方法,该方法整合了生物序列中单词的重叠结构和背景信息。 为了评估这种整合对于序列比较的有效性,采取了两组评估实验来测试所提出的模型。 第一个通过接收器工作曲线分析执行,是所提出的方法在区分功能相关的调控序列和无关序列(内含子和外显子)中的应用。 第二个实验是用f度量评估该方法对戊型肝炎病毒基因型聚类的性能。 结果表明,所提出
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-16
    • 文件大小:521216
    • 提供者:weixin_38643127
  1. MetaWorks:MetaWorks是一个灵活的多标记元条形码管道,用于处理从原始fastq.gz文件到分类分配的成对末端Illumina读取-源码

  2. MetaWorks的 MetaWorks由一个conda环境和Snakemake流水线组成,这些流水线将在命令行中运行,以生物信息学方式处理从原始读取到分类分配的Illumina配对末端元条形码。 MetaWorks当前支持许多流行的标记基因扩增子和元条形码:COI(真核生物),rbcL(真核生物,硅藻),ITS(真菌,植物),16S(原核生物),18S(真核生物,硅藻),12S(鱼)和28S(真菌)。 使用RDP分类器进行分类分配,该分类器使用朴素的贝叶斯方法来生成分类分配,并在每个等级上提供
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-14
    • 文件大小:248832
    • 提供者:weixin_42107374
  1. D-PPIN:动态蛋白质-蛋白质相互作用网络数据集-源码

  2. 密码 D-PPIN是一个动态网络数据集,由12个不同的酵母细胞动态蛋白质-蛋白质相互作用网络组成。 D-PPIN的统计 在D-PPIN的每个动态网络(例如Krogan_LCMS)中,节点表示编码蛋白质的基因,边缘表示在某个时间戳记下的蛋白质-蛋白质相互作用,并且每个边缘都带有时间戳记(例如node_u,node_v,时间戳记,权重)。 D-PPIN的产生 简而言之,构建动态蛋白质-蛋白质相互作用网络需要两个组件。 第一个是静态蛋白质-蛋白质相互作用网络,第二个是该静态网络中每种蛋白质的时间感知基
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-06
    • 文件大小:12582912
    • 提供者:weixin_42128270
  1. 使用序列模型学习表型结构

  2. 先进的微阵列技术能够同时监视所有基因的表达水平。 微阵列数据分析中的一个重要问题是发现表型结构。 目标是:1)找到与不同表型(例如疾病或正常表型)相对应的样品组,以及2)对于每组样品,找到使该组与其他组区别开的代表性表达模式或特征。 已经针对该问题提出了一些方法,但是,共同的缺点是所识别的签名通常包括大量的基因,但是辨别力却很低。 在本文中,我们提出了ag *序列模型来解决这一局限性,其中基因之间的有序表达值被有效利用。 与现有方法相比,所提出的序列模型对噪声更鲁棒,并允许使用更少的基因以更大的
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-03
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_38536267
  1. 位置相关评分功能预测酿酒酵母中核小体的占有率

  2. 了解跨基因组的核小体的详细组织以及核小体定位的机制对于理解基因调控和表达至关重要。 在目前的工作中,对啤酒酵母基因组的核小体和接头序列中4-mer频率的偏向进行了统计分析。 提出了一种基于接头序列中4聚体频率偏差的位置相关评分功能算法,以区分核小体与接头序列。 五重交叉验证表明,该算法在接收器操作员特征曲线下的平均面积为0.981的情况下取得了良好的性能。 接下来,该算法被用于预测整个酿酒酵母基因组中的核小体占有率,并获得了与核小体定位实验图相对较高的相关系数。 此外,证实了在调控位点附近的独特
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-24
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_38669729
  1. 植物抗性基因识别中的随机森林分类方法

  2. 为了解决传统基于同源序列比对的抗性基因识别方法中假阳性高、无法发现新的抗性基因的问题, 提出了一种利用随机森林分类器和K-Means 聚类降采样方法的抗性基因识别算法。针对目前研究工作中挖掘 盲目性大的问题, 进行两点改进:引入了随机森林分类器和188 维组合特征来进行抗性基因识别, 这种基于 样本统计学习的方法能够有效地捕捉抗性基因内在特性; 对于训练过程中存在的严重类别不平衡现象, 使用 基于聚类的降采样方法得到了更具代表性的训练集, 进一步降低了识别误差。实验结果表明, 该算法可以有效 地
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-23
    • 文件大小:673792
    • 提供者:weixin_38725623
  1. scde:用于分析单细胞RNA序列数据的R包-源码

  2. SCDE概述 scde程序包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。 scde适合用于单细胞RNA-seq测量的单个误差模型。 然后可以将这些模型用于评估细胞组之间的差异表达以及其他类型的分析。 scde软件包还包含pagoda框架,该pagoda框架应用途径和基因集过度分散分析来识别单细胞之间转录异质性的各个方面。 以下出版物详细介绍了差异表达分析的总体方法: 在以下出版物中详细介绍了途径和基因组过度分散分析的总体方法: 有关其他安装信息,教程等,请访问 样品分析和图像
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-05
    • 文件大小:3145728
    • 提供者:weixin_42100971