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模糊聚类分析方法在DNA序列分类中的应用
数学建模 摘要:该文采用模糊聚类分析的方法对 DNA序列进行分类。首先从 DNA序列中单个碱基分布的“密度”角度出发,提取出 DNA序列的特征,然后用模糊聚类分析中常用的方法对 DNA序列进行分类。该文运用自行研制开发的集成 11种模糊聚类 分析算法的模糊聚类分析运算工具,首先对已知的1—20个DNA序列进行模糊聚类分析,根据分类结果的精度,找出了较优 的6种聚类分析算法,然后用余下的21—4O个 DNA序列进行分类;最后,本文一次对所有的1—40个 DNA序列进行归类, 并综合了所有的分类结
所属分类:
其它
发布日期:2009-08-17
文件大小:345088
提供者:
yuanmi111
DNAman,好用的DNA序列分析工具
DNA序列分析工具,可以进行DNA序列的统计分析,引物设计等等。
所属分类:
专业指导
发布日期:2012-05-25
文件大小:1048576
提供者:
a370789401
DNA分析工具
常用的DNA分析工具,共分子生物学专业学生或科研人员使用
所属分类:
教育
发布日期:2013-01-08
文件大小:6291456
提供者:
liqiaoyun1996
DNAMAN 核酸序列分析软件
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。DNAMAN 5.2.9 Demo version
所属分类:
其它
发布日期:2013-01-17
文件大小:916480
提供者:
yanxiumei876121
DNA分析软件
Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作,并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具,以及卓越的技术支持闻名
所属分类:
教育
发布日期:2013-05-29
文件大小:5242880
提供者:
u010877967
重测序 软件工具包
linux 64位平台 静态编译的 应可以直接用。 生物信息 重测序 小软件 游戏 随着测序技术的持续革新,新一代测序技术的产生降低了测序成本并提高了测序通量,使得针对几百上千的样品进行DNA测序成为可能。其次当前模式作物和重要经济物种的基因组大多已经被测序,越来越多的科研人员转重测序研究。再次近几年很多研究员已经在相关杂志发表了很多个体重测序的研究了,个体重测序研究已经相当深入,很难有质的飞跃和重要的发现。最后对一个好的群体的研究对后期的更深入的研究十分有意义,如对重组自交系群体进行测序,可
所属分类:
C++
发布日期:2013-06-28
文件大小:16777216
提供者:
swimming38
DNAStar中文使用说明书.doc
DNAStar中文使用说明书,最好的DNA分析工具
所属分类:
专业指导
发布日期:2014-03-28
文件大小:2097152
提供者:
u014407236
DNAstar.lasergene.v7.1.rar
DNA分析软件,DNA序列分析,构建系统发育树,多序列比对等等。
所属分类:
医疗
发布日期:2014-04-10
文件大小:36700160
提供者:
u014464862
Ugene,DNA分析工具,ABl,Fasta,Seq
DNA分析工具,ABl,Fasta,Seq,gene,RNA,Primer,Windows平台
所属分类:
spark
发布日期:2018-08-29
文件大小:185597952
提供者:
wbadyx
非酿酒酵母菌多样性分析 caj2019.00
DNA分析工具,,
所属分类:
spark
发布日期:2019-04-21
文件大小:2097152
提供者:
yang5518
HP Service Health Analyzer:解码IT绩效问题的DNA
HP Service Health Analyzer (SHA)是一种基于实时动态服务模型构建的预测分析工具,通过它可分析测量值异常情况,指出底层基础设施问题。通过监控系统,可获得来自 IT 系统各个层面的测量数据和事件,如硬件、网络操作系统、中间件、应用程序、业务服务和流程等。
所属分类:
其它
发布日期:2020-03-04
文件大小:1048576
提供者:
weixin_38555229
DeepGenome:具有大量丢失或冲突信息的基因组数据的分析,集成和质量评估工具。 GapJumper可用于识别可靠的遗传标记,比较大量个体的遗传标记以及使用半监督方法和仅凭经验数据对任何分析中使用的标记进行质量评估-源码
GapJumper 灵活的管道,用于整合和不确定性估计从多个样本,重复数据和软件结果中产生的变异调用数据。 跳闸应用 大型和异构数据集中可靠的遗传标记的鉴定 在不同样品,样品组或重复样品中检测到的变异的质量评估 评估通过其他方法获得的结果,例如通过大型筛选研究选择的遗传标记, 基准测试和SNV调用管道开发, 用于序列分析和基因分型的非回归测试, 怎么运行的? GapJumper是一个开放源代码管道(GNU许可证),它允许集成和分析从多个复制品,示例和软件获得的变体调用数据(请参见下图)。
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-26
文件大小:13631488
提供者:
weixin_42120275
Tomato_Forensic_DNA_Tools:法医DNA数据分析工具-源码
Tomato_Forensic_DNA_Tools:法医DNA数据分析工具
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-18
文件大小:4096
提供者:
weixin_42157188
α-溶血素纳米Kong中与铅(II)结合的适体构象变化的单分子分析和对铅(II)的灵敏检测
α-溶血素(αHL)纳米Kong能够分析DNA双链体和DNA适体,因为它们可以通过电泳方式从顺式入口进入前庭。 当前的研究描述了由Pb2 +引起的竞争性相互作用,它改变了不对称电解质溶液中DNA双链体的二级结构。 由部分互补的DNA和DNA适体序列形成的DNA双链体产生了解拉链阻滞,驻留解链时间持续2.84±0.7 ms。 通过阳离子-DNA与Pb2 +的相互作用,DNA双链体将解开,然后形成Pb2 +稳定的DNA适体,将其捕获并在前庭中展开。 Kong隙电导率分别降低到54%和94%,平均驻留
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-12
文件大小:1048576
提供者:
weixin_38538021
FastMLST::high_voltage::dna:FastMLST-源码
快速MLST 多核多基因座序列分型工具,结合等位基因串联。 介绍 FastMLST是用Python3编写的高速独立脚本,它采用FASTA格式的程序集(也允许压缩),并根据定义的MLST方案确定其ST。 与其他ST确定程序相比,主要优点是FastMLST允许生成FASTA文件,该文件包含所有已分析的基因组的串联等位基因,这些基因组已准备好进行比对并用于系统发育推断。 您可以在我们的阅读有关MLST分析的完整指南。 安装 当前,安装此脚本的唯一方法是使用Conda。 conda config
所属分类:
其它
发布日期:2021-03-07
文件大小:27648
提供者:
weixin_42157166
SRD:基于无向图的DNA /蛋白质序列关系可视化通用软件工具
为了加快翻译生物信息学的研究,本研究提出了一种通用软件工具,称为序列关系图程序(SRD)。 它可用于在基因和蛋白质序列相似性分析中基于无向图,动态显示分子序列及其类别之间的关系。 SRD由两个组件组成:基于窗口的应用程序和计算机数据库。 研究人员可以将他们的数据集导入数据库,这将使软件运行速度更快并占用更少的内存。 预先计算的序列关系和其他用户定义的信息也可以导入到系统中,然后在多个交互角度中可视化。 可以将序列划分为几个类别,并提供和链接多个窗口以分别涉及类别内,类别外和类别-类别关系的可视化
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-24
文件大小:926720
提供者:
weixin_38640117
SingleMoleculeFootprinting:用于SMF数据分析的R包-源码
单分子印迹 介绍 SingleMoleculeFootprinting是围绕构建的R软件包,专门用于分析单分子足迹(SMF)数据。 SMF是在开发的一种高通量测序技术。 它包括使用外源甲基转移酶在GpC和CpG环境中标记可及的基因组胞嘧啶,以及随后进行的亚硫酸氢盐测序(BS)。 因此,受DNA相互作用蛋白(例如TF,核小体,GTF等)结合保护的胞嘧啶将被甲基化,而可及的胞嘧啶将被甲基化。 使用本程序包,我们提供了从对齐的bam文件到单个站点结果的生物学解释,执行基本SMF数据分析的功能。 前
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-24
文件大小:4194304
提供者:
weixin_42176827
kfw-backend:kfwx:gear::dna:的后端Flask应用程序-源码
kfw后端 这是用于MacOS X和Windows的工具包,可自动分析数据以进行分析。 了解输出 本节详细说明数据分析结果的重要性。 膜电位 元数据表-该表包含有关实验本身的信息 ID-实验ID。 标准曲线-正确或错误的值,指示是否使用标准曲线计算。 斜率-研究人员输入的用于计算的斜率值。 Y截距-研究人员输入的用于计算的y截距值。 底物-包含实验中使用的底物列表的列。 添加项-包含实验中使用的添加项列表的列。 日期-分析运行的日期,格式为YYYY-MM-DD。 原始数据-从实验室
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-18
文件大小:5242880
提供者:
weixin_42102272
modimizer:使用新型缩减型kmer进行快速DNA读集匹配和组装的工具集-源码
修改器 使用简单的kmer采样方法进行快速,节省空间的DNA读集匹配和组装的工具集。 具有精确kmer匹配的种子序列比对是DNA序列匹配和数据集分析的许多生物信息学方法的关键组成部分。 存在用于快速枚举读取集的所有kmers的工具,但是将它们全部表示在内存中的开销很大。 快速访问的自然工具是哈希表,但这可能会占用更多空间。 最近,已经引入了minhash和最小化方法,这些方法仅通过使用kmer的子集来节省速度上的空间。 对于这些方法,基于它们的哈希值相对于集合中的其他值较低(minhash)还
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-16
文件大小:68608
提供者:
weixin_42162216
sigminer::evergreen_tree:一个易于使用且可扩展的工具包,用于R中的基因组改变签名(又名突变签名)分析和可视化-源码
Sigminer:R中的突变签名分析和可视化 总览 癌症基因组在其生命周期中受到各种突变过程的影响,这些突变过程源于外源和细胞内在的DNA损伤,以及易于出错的DNA复制,留下了称为突变特征的特征性突变谱。 该软件包sigminer可以帮助用户从基因组变更记录中提取,分析和可视化签名,从而为癌症研究提供新的见识。 有关管道工具,请参见其共同进化的CLI 。 SBS签名: 复制号码签名: DBS签名: INDEL(即ID)签名: 基因组重排特征: 不支持RS的sig_tally()
所属分类:
其它
发布日期:2021-02-05
文件大小:11534336
提供者:
weixin_42151373
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