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搜索资源列表

  1. ngs-ml:下一代测序和机器学习-源码

  2. ngs-ml 下一代测序和机器学习 使用和 使用Conda运行笔记本 从下载miniconda 打开Anaconda Prompt并转到ngs-ml文件夹（ cd ） 键入conda env create -f environment.yml -p ./env （这可能需要一段时间） 使用conda conda activate ./env ngs-ml文件夹中的./env环境。 键入jupyter notebook然后打开笔记本！

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：8192
    • 提供者：weixin_42136477

  1. diffanalyseR:与R中的NGS计数数据分析相关的功能-源码

  2. 扩散分析 用于自动化与R中的NGS计数数据分析相关的常见任务的功能。 安装 # / Check for BiocManager: if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )){ install.packages( " BiocManager " ) BiocManager :: install() } # / Bioc packages: pk <- c( " BiocParallel " , " edge

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-16
    • 文件大小：32768
    • 提供者：weixin_42099151

  1. nu-ngs01:NGS-1数据分析课程-源码

  2. NGS数据分析课程1 讲课 第一天 第1部分| 下一代测序技术 第2部分| BASH 第二天 第1部分| 排序文件格式 第2部分| 第3部分| 第4部分| 和 第三天 第1部分| 序列比对 第2部分| 第3部分| 第四天 第1部分| 从头组装算法 第2部分| 第3部分| 第五天 第1部分| 基于参考的装配 第2部分| 第3部分| 第六天 第1部分| 第2部分|

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：109051904
    • 提供者：weixin_42113754

  1. transposition_detector_deTEct:换位事件检测工具，使用NGS对齐数据和PBSV或Sniffles的SV调用输出（VCF文件）-源码

  2. transposition_detector_deTEct 换位事件检测工具，使用NGS对齐数据和PBSV或Sniffles的SV调用输出（VCF文件）

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-05
    • 文件大小：13312
    • 提供者：weixin_42127748

  1. CallVars：CallVars是一种自动的NGS工作流程，可将配对末端的样品FastQ直接带到感兴趣的少数临床相关变体（SNPs + Indels）-源码

  2. CallVars： CallVars是一个自动化，可复制且可扩展的Snakemake工作流程，它采用成对末端的FastQ文件，其中包含来自目标基因组的下一代测序（NGS）数据/读取以及来自Illumina机器的整个外显子组，直接进入导致高可信度疾病的过滤列表/相关变体进行临床评估，以进行疾病诊断/治疗或预测疾病风险。 该工作流基于准则，即针对单个样品的种系短变异发现（SNP + Indel），并使用基因组分析工具包（GATK）v4.1.9.0。 CallVars配置为使用“ config.y

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-23
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42120550

  1. nextflow_pipelines：Babraham中使用的NGS处理管道集-源码

  2. Babraham Nextflow管道 介绍 该存储库包含用于大量处理NGS数据的nextflow管道。 这些管道旨在在我们集群的环境中工作，但可以很容易地使其在其他地方工作。 这些管道使运行大量序列的标准处理变得容易。 它们通常分为以下两种类型之一： 用于完整处理特定类型数据（例如nf_rnaseq ）的nf_rnaseq ，它将运行多个链接的程序 运行单个程序的管道（例如nf_fastq_screen ），在需要更有限的处理时很有用 所有管道均设计为可直接执行，并且其中许多管道只需要提供

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-22
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42129005

  1. vcfpop：基于NGS数据对单倍体，二倍体，多倍体和非整倍体进行群体遗传学分析-源码

  2. vcfpop 根据NGS数据对单倍体，二倍体，多倍体和非整倍体进行群体遗传学分析。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：12582912
    • 提供者：weixin_42144199

  1. HemTools：HemTools：NGS管道和生物信息学分析的集合-源码

  2. HemTools：NGS管道和生物信息学分析的集合 这里的代码是专门为Stjude的HPCF量身定制的。 它可能无法直接在Stjude外部工作。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：26214400
    • 提供者：weixin_42166261

  1. reads_simulation：ngs读取模拟-源码

  2. reads_simulation ngs读取模拟

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：6144
    • 提供者：weixin_42134554

  1. snakemake_workflows：使用snakemake的NGS的werrflows-源码

  2. snakemake_workflows 使用snakemake的NGS工作流程

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：77824
    • 提供者：weixin_42131367

  1. CRIS.py：分析NGS数据的CRISPR（或任何工程核酸内切酶）活性，并筛选克隆。 同时查看NHEJ或多个HDR事件-源码

  2. 危机 分析CRISPR（或任何工程核酸内切酶）活性的NGS数据并筛选克隆。 同时查看NHEJ或多个HDR事件。 CRIS.py是一个易于使用的python脚本，可以分析NGS数据以获取用户定义的序列。 用户直接修改python脚本，然后在包含目标fastq文件的目录中运行该脚本。 运行CRIS.py之后，将在当前目录中创建一个包含分析的文件夹。 安装及要求 CRIS.py需要Python 2.7和Pandas库。 （请参阅-py3文件以使用Python 3运行脚本）安装Python 2.7和P

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-13
    • 文件大小：30408704
    • 提供者：weixin_42116681

  1. APS-NGS-day1-PM-源码

  2. 高级数据分析-NGS数据分析简介谢菲尔德大学动植物科学系 对齐Illumina RNA-seq数据 尼古拉·纳多Alison Wright 本实用程序的目的是学习如何将Illumina RNA-seq数据与参考基因组进行比对并组装转录本。 我们将使用Heliconius melpomene的多个个体的表达数据的数据集。 目录 准备参考基因组 对齐RNA-seq读数以供参考 可视化路线 评估贴图质量 汇总成绩单 实用-初始设置 首先，必须在ShARC中使用交互式会话来运行本教程。 您还将向Job

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    • 发布日期：2021-02-12
    • 文件大小：496640
    • 提供者：weixin_42166105

  1. Reanalysis_of_published_datasets：Bash代码，用于对齐来自各种NGS方法的原始数据-源码

  2. Reanalysis_of_published_datasets：Bash代码，用于对齐来自各种NGS方法的原始数据

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-11
    • 文件大小：300032
    • 提供者：weixin_42112658

  1. seeqR：方便的函数集合，可使用已发布的R包分析NGS数据-源码

  2. SeeqR 使用已发布的R包收集方便的函数来分析NGS数据 正常RNA-Seq分析 在开始之前，该包的这一部分依赖于DESeq2包。 查看他们的插图： ： 起始材料：原始计数表，例如来自featureCounts的输出。 seeqR软件包提供了一个示例表（sqCounts） library(seeqR) counts <- sqCounts head(counts) 我们让软件包DESeq2根据原始计数计算差分表达式。 seekDEseq函数包括所有必需的步骤。 从计数表的同名中

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42113552

  1. yaqiangcao.github.io：我的笔记本用于算法，编程，表观遗传学，单细胞NGS，3D基因组和生物信息学-源码

  2. yaqiangcao.github.io：我的笔记本用于算法，编程，表观遗传学，单细胞NGS，3D基因组和生物信息学

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42132598

  1. Genomic_Evolution：此摘要是一个收集脚本，用于分析Evolution中的NGS数据-源码

  2. Musa_NGS_Suite Musa_NGS_Suite的目的 Musa NGS Suite是一组脚本，这些脚本在不同的项目中用于使用NGS数据集分析香蕉基因组。 该套件包括两个主要部分。 第一部分从读取到SNP调用的清理开始。 此程序在Elan等人的《作物科学2020》中得到了应用。第二部分增加了额外的步骤来研究我们用于检测大的插入和缺失的染色体结构，以检查收集到的香蕉样品的遗传完整性。 依存关系 这些工具是用Perl，bash，Python3，Java开发的，并且可以在Linux系统上运行

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42099755

  1. ngs：下一代Shell（NGS）-源码

  2. 下一代Shell是一种功能强大的编程语言，是专门为Ops设计的Shell。 因为你应该得到更好的。 :warning_selector: 加入我们的-用例，示例，NGS语言设计。 快速链接 文献资料 -NGS旨在解决哪些问题 -通过代码示例进行简要介绍 -语言设计原理，语法和功能 -所有可用功能 问题 bash还是Python ？ 那是一个圆Kong情况的方形钉。 两者都不适合执行Ops任务。 NGS旨在减少您的挫败感并提高您的生产力。 您没有理由处于这种情况。 （Python在这里还代

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：763904
    • 提供者：weixin_42171132

  1. NextGenerationSequencing：构建一个流程以基于R，Perl和Python分析NGS数据-源码

  2. 下一代测序工作流程 需求 Python 2.7 Perl 5v22 R 2.3 NGS分析中的工作流程 描述 码 描述 extractLargeData.pl 根据策略提取配对的读段。 输入是由领结程序从对齐的SAM分割的文件（由于内存的限制）。 getLargeData.pl 从所有分割的文件中统计每个笔录，并生成一个包含笔录及其读取计数的文件。 由于内存的限制，输入文件的计数将动态更改。 cbnCT.pl 为了合并由代码getLargeData.pl生成的控制文件和处理文件，脚

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：91136
    • 提供者：weixin_42156940

  1. PCAP核心：旧版，请参阅癌症。PCAP核心：IGCGTCGA泛癌分析项目的NGS参考实现和帮助程序代码-源码

  2. PCAP核心：旧版，请参阅癌症。PCAP核心：IGCGTCGA泛癌分析项目的NGS参考实现和帮助程序代码

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42110070

  1. 工具箱：使用Python进行NGS分析的工具箱-源码

  2. ngs-toolkit 这是我的NGS分析工具包： ngs_toolkit 。 转至以了解如何安装和使用该工具包，并查看可用功能的目录。 安装方式： pip install ngs-toolkit 您可能需要在上述命令中添加--user标志。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：254976
    • 提供者：weixin_42099815
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