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搜索资源列表

  1. cisgenome_v1

  2. 应用于高通量核苷酸数据分析的suite，源代码，c，包括motif，序列比对等等

  3. 所属分类：C

    • 发布日期：2009-08-17
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：yang099

  1. DNAstar使用说明

  2. DNASTAR 的lasergene序列分析软件 简介 Lasergene由8个应用程序组成，每个程序都组织成功能单元。整个Lasergene系统包括一下一些软件： SeqManII：整理（trim）和组装（assemble）序列数据，以及确定共有序列。 GeneQuset：在小的、与BAC相当大小的或较大的序列中发现并标注基因、图谱（pattern）以及其他特征。 Protean：预测蛋白质二级结构，鉴定抗原（antigen）区。 MegAlign：以配对形式（pairwise）或多重比对形

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2010-06-25
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：qdddddd

  1. clustal X比对软件

  2. 比对序列

  3. 所属分类：数据库

    • 发布日期：2014-05-02
    • 文件大小：485376
    • 提供者：wjp0328

  1. 基因表达谱芯片的数据分析

  2. 人类基因组计划的实施为基因芯片带来巨大发展。基因表达谱芯片是指将大量DNA片段或寡核苷酸固定在玻璃、硅、塑料等硬质载体上制备而成芯片，具有高效率，高通量、高精度以及能平行对照研究等特点。基因芯片的数据分析则是从杂乱无章的基因芯片数据中找出其固有规律。本文将介绍基因表达谱芯片的组成，并以数据分析的目的，从非监督学习、监督学习等角度对芯片的数据分析进行综述，并对每一种方法的优缺点进行评述，为正确选用基因芯片的数据分析方法提供参考。

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2016-01-20
    • 文件大小：936960
    • 提供者：a1015553840

  1. 高通量测序与大数据分析－农学篇

  2. 测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novo sequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序（resequencing），在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序（whole transcr iptome resequencing），从而开

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2018-01-25
    • 文件大小：68157440
    • 提供者：licnyyu

  1. 《高通量测序与大数据分析－农学篇》多组学研究.

  2. 测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novo sequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序（resequencing），在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序（whole transcr iptome resequencing），从而开

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2018-01-25
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：licnyyu

  1. 《高通量测序与大数据分析－医学篇》微生物组研究

  2. 测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novo sequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序（resequencing），在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序（whole transcr iptome resequencing），从而开

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2018-01-25
    • 文件大小：23068672
    • 提供者：licnyyu

  1. 三个新的与慢性乙型病毒性肝炎易感性相关的HLA中的单核苷酸变异

  2. 三个新的与慢性乙型病毒性肝炎易感性相关的HLA中的单核苷酸变异，蒋丹华，廖启军，[目的]： 从前期已进行全外显子组测序的极端性状个体的数据中挖掘并鉴定人类白细胞抗原（HLA）基因区域内与慢性乙型病毒性肝炎（乙

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-01-04
    • 文件大小：436224
    • 提供者：weixin_38693506

  1. 单倍型和蛋白质相互作用位点的背景下癌症特定的非同义单核苷酸多态性预测。

  2. 在这项工作中，我们研究预测非同义SNP对几种癌症的影响。 我们对从受影响的基因中提取的序列特征和结构特征进行分类器训练，并使用交叉验证评估了训练后的分类器做出的预测。 具体来说，我们调查了如何通过在单体型和受影响基因编码的蛋白质相互作用位点的背景下连接SNP来改善预测性能。 我们发现，通过将顺序和结构特征相结合，精度一直得到提高，范围从几个百分点到超过20个百分点。 将SNP置于相互作用位点的情况下，结果不一致。 与单个SNP相比，以单倍型形式出现的SNP彼此之间以及与表型之间显示出更强的相关性

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-06-05
    • 文件大小：482304
    • 提供者：weixin_38683848

  1. DeepGenome:具有大量丢失或冲突信息的基因组数据的分析，集成和质量评估工具。 GapJumper可用于识别可靠的遗传标记，比较大量个体的遗传标记以及使用半监督方法和仅凭经验数据对任何分析中使用的标记进行质量评估-源码

  2. GapJumper 灵活的管道，用于整合和不确定性估计从多个样本，重复数据和软件结果中产生的变异调用数据。 跳闸应用 大型和异构数据集中可靠的遗传标记的鉴定 在不同样品，样品组或重复样品中检测到的变异的质量评估 评估通过其他方法获得的结果，例如通过大型筛选研究选择的遗传标记， 基准测试和SNV调用管道开发， 用于序列分析和基因分型的非回归测试， 怎么运行的？ GapJumper是一个开放源代码管道（GNU许可证），它允许集成和分析从多个复制品，示例和软件获得的变体调用数据（请参见下图）。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：13631488
    • 提供者：weixin_42120275

  1. VirtualMultiArray:使用系统中所有图形卡作为存储并使用OpenCL进行数据传输的C ++虚拟阵列实现。 （随机访问-源码

  2. 虚拟多阵列 基于多显卡的C ++虚拟阵列实现，将VRAM与OpenCL结合使用可节省千兆字节的RAM。 Wiki： ： 该工具可以： 将一些数据卸载到视频ram以节省磁盘使用量 例如用于缓存FASTA核苷酸序列之类的大文件： : 当需要的空间超过可用RAM时，可保留系统的响应能力 具有比HDD / SSD更好的延迟 具有比NVME更高的吞吐量（需要多个图形卡） 使用GPU计算能力在数组中查找元素 最简单的用法： # include " GraphicsCardSupplyDe

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-10
    • 文件大小：168960
    • 提供者：weixin_42131261

  1. nim-dna-seq:Nim软件包，用于处理核苷酸序列数据-源码

  2. bio_seq 一个用于将核苷酸编码为IUPAC模糊度代码以及写入和读取FASTA文件的库。 基于的核苷酸的8位无符号整数表示形式 对齐解析 对于解析对齐，要求所有FASTA条目都具有相同的长度，否则将引发错误。 解析对齐字符串 import bio_seq let s = ">header1 \n ACTG \n >header2 \n >CTUG" let r = parseFastaAlignmentString (s) 解析对齐文件 import nim_seq l

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-07
    • 文件大小：9216
    • 提供者：weixin_42128988

  1. iNuc-PseKNC：基于序列的预测子，用于预测具有伪k元组核苷酸组成的基因组中核小体的定位

  2. 动机：核小体定位参与许多细胞活动，并在调节细胞过程中发挥重要作用。 随着在后基因组时代产生的基因组序列的雪崩，迫切需要开发用于快速有效地鉴定核小体定位的自动化方法。 尽管提出了一些计算方法，但大多数计算方法是物种特异性的，并且忽略了可能在确定DNA序列上核小体定位中起重要作用的内在局部结构性质。 结果：在这里开发了一种名为“ iNuc-PseKNC”的预测子，用于预测智人，秀丽隐杆线虫和果蝇果蝇基因组中的核小体定位。 在新的预测因子中，DNA序列的样品是由一种称为“伪k元组核苷酸组成”的新型特征

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-04
    • 文件大小：544768
    • 提供者：weixin_38720322

  1. sitega：使用遗传算法通过判别分析选择一组局部定位的二核苷酸的新的基序识别工具，用于ChIP-seq数据分析-源码

  2. SiteGA-结合位点的遗传算法识别。 描述 当前的SiteGA版本（Levitsky等人，正在准备中）代表了的算法 在ChIP-seq数据集中用于从头进行基序搜索。 SiteGA是一种随机算法，可在输入序列中搜索相互依赖的局部定位的二核苷酸（LPD）的模式，该模式可模拟转录因子结合位点内核苷酸环境的近距离和远距离吸引。 因此，SiteGA方法与传统的位置权重矩阵（PWM）完全不同，传统的位置权重矩阵（PWM）根据来自各个位点位置的核苷酸频率的累加影响来搜索最保守的基序。 要求 SiteGA源代

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-03
    • 文件大小：20971520
    • 提供者：weixin_42123456

  1. pmbcl_exomes：用于分析PMBCL外显子组数据集的脚本-源码

  2. 原发性纵隔B细胞淋巴瘤（PMBCL）外显子组 学习规划 95个肿瘤样本 21个匹配法线 对所有样品进行整体外显子组测序（平均115倍） 变体调用 使用配对分析分析具有匹配正常值的肿瘤样品。 对于未配对的样本，将肿瘤与合并的正常个体（21个正常个体中的10个降低采样并合并）匹配。 下列调用者用于确定体细胞核苷酸变异体和插入缺失： VarScan 多功能 斯特雷卡 MutSig识别明显突变的基因 复印号码检测 CNVkit GISTIC识别重要的重复和缺失

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-20
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42144707

  1. R_for_Bioinformatic：Bioinformatics是一个快速成熟的领域，它正在推动使用计算方法来收集，分析和解释生物数据。 此回购旨在为读者提供生物信息学的全面入门级介绍。 内容将通过小型项目使用R编程语言整合理论知识和实

  2. 生物信息学 介绍 生物信息学是一个日趋成熟的领域，它正在推动使用计算方法来收集，分析和解释生物数据。 此回购旨在为读者提供生物信息学的全面入门级介绍。 内容将通过小型项目使用R编程语言整合理论知识和实践经验。 重点将放在生物学序列（DNA，RNA，蛋白质）分析及其应用上。 有关更多详细信息，请参阅每个文件夹解决方案中的Report.PDF。 可以在找到更多参考资料 fasta文件可以从下载 什么是DNA “脱氧核糖核酸，换句话说（完全感谢）被称为DNA，是生命中最重要的单个分子。DNA几乎

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：13631488
    • 提供者：weixin_42131705

  1. TreehopperSeq：实用程序脚本，数据分析管道以及带有非模型生物的RNA-Seq的文档的集合-源码

  2. TreehopperSeq 实用程序脚本，数据分析管道和非模型生物RNA-Seq的文档的集合。 此仓库中使用的软件： 三位一体（trinityRNAseq）/领结/ RSEM TRIMMOMATIC 领结2 EnTAP R（生物导体包装） RNA-Seq读取处理管线 TODO为RNA QC管道和自述文件添加脚本。 高质量修剪显示为“完成” 条PolyA尾巴完成 集合 制作小的测试数据集 注释和装配优化 TODO添加用于使用EnTAP注释读段的脚本，使用USEARCH来聚簇蛋白质

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-17
    • 文件大小：10485760
    • 提供者：weixin_42116713

  1. 犬：一种便捷的API，用于获取生物信息学和基因组数据集。 提供用于获取数据集的RESTful框架-源码

  2. 犬类 用于获取生物信息学和基因组数据集的便捷API。 提供用于获取数据集的RESTful框架。 该存储库包含： Requirements.txt中的存储库requirements.txt project/下的project/内部运作 Flask API应用程序位于project/application.py project/lib/下的自定义功能 project/templates/下的烧瓶HTML模板 目录 背景 生物信息学软件要求从各种来源中提取数据集，包括但不限于NCBI数据库（G

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-15
    • 文件大小：10240
    • 提供者：weixin_42151373

  1. OSGenome：使用23AndMe和数据搜寻技术的遗传数据（SNP）开源Web应用程序-源码

  2. OS基因组 使用23AndMe和数据搜寻技术的遗传数据（SNP）开源Web应用程序 描述 OS Genome是一个开放源代码Web应用程序，它使用户可以收集需要的信息以了解自己的基因组，而无需依赖具有未知隐私策略的外部服务。 OS Genome的目标是抓取各种资源并赋予个人基因组意义。 它创建用户特定基因组的响应网格。 这允许从过滤到excel导出的所有操作。 所有这些都使用Flask，Kendo和Python编程。 什么是SNP？ 来自生物信息学的实用方法，医学博士Shui Qing Ye

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-05
    • 文件大小：4194304
    • 提供者：weixin_42131705

  1. SearchHouseOwner:通过58和赶集网上发布的数据，识别其中的真房东。该项目基于leancloud开发，为wiwide内部活动项目，不具有太多实用性。通过相同手机号码发布的房源信息的多寡核苷酸以及偏置的多寡来判断（注-源码

  2. 通过58和赶集网上发布的数据，识别其中的真房东。该项目基于leancloud开发，为wiwide内部活动项目，不具有太多实用性。通过相同手机号码发布的房源信息的多寡核苷酸以及潜在的多寡来判断（注：目标信息多不代表代表多） app里面是项目基础框架，逐步修改，现在可以直接运行 andriod里面是以后的andriod源码 docs里面是需要演示的ppt以及相关素材 spider里面是爬虫相关代码

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-23
    • 文件大小：905216
    • 提供者：weixin_42128270
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