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搜索资源列表

  1. GenomeAnalysisTK-2.2-15.tar.bz2

  2. GATK的官方软件，因为要注册，所以放在这里，供大家下载使用！

  3. 所属分类：教育

  1. scipy-0.11.0

  2. SciPy (pronounced "Sigh Pie") 是一个开源的数学、科学和工程计算包。 [转载]正确安装Scipy-0.9和numpy-1.6 http://blog.sina.com.cn/s/blog_7948610e0100tbr9.html 在64位的Linux集群上安装scipy0.9是一个很头疼的问题，因为scipy需要依赖于第三方软件包，例如atlas、blas等。本文以假设第三方软件包已经安装，但是它们均没有在相应的系统环境变量下，因此需要生成相应的配置文件。 1.安

  3. 所属分类：Python

    • 发布日期：2013-01-28
    • 文件大小：6291456
    • 提供者：yougeru

  1. GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2

  2. 里面包含了很多有用的工具，主要注重与变异的查找，基因分型且对于数据质量保证高度重视，是一种可以发现indel与SNP的集成软件。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2014-11-15
    • 文件大小：10485760
    • 提供者：banrongjun1101

  1. Gatk-protected-master

  2. GATK的原coding，功能大家看看就知道，里面有readme

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2015-11-20
    • 文件大小：11534336
    • 提供者：qq_32960655

  1. GenomeAnalysisTK-3.6.tar.bz2

  2. 生物信息的变异检测工具GATK 3.6版本

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2016-07-22
    • 文件大小：12582912
    • 提供者：moyuluxi

  1. GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2

  2. GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2017-04-10
    • 文件大小：10485760
    • 提供者：gaomeihong1993

  1. GATK HaplotypeCaller SNP Calling 自动化流程

  2. 使用GATK进行 SNP Callling的自动化流程。基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行，测试脚本以sra文件为最初输入，将读取文件见内的所有sra文件（视为同一个样本的数据），进行SNP Calling产生GVCF，然后用户可自行进行jointCall

  3. 所属分类：教育

    • 发布日期：2018-03-13
    • 文件大小：7168
    • 提供者：yebo_cau

  1. bwa基因比对程序

  2. bwa算法，经过bwa算法执行后会得到sam文件，sam文件用于之后的gatk工作

  3. 所属分类：机器学习

  1. sentieon软件

  2. 一款非常快速的生信分析软件，是gatk完美的替代者。这里提供一个文件共大家分享。

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2018-07-20
    • 文件大小：29360128
    • 提供者：weixin_42101700

  1. GATK使用方法详细介绍

  2. GATK软件使用方法详细描述，好的资源不容错过！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2018-07-31
    • 文件大小：260096
    • 提供者：rogerzhanglijie

  1. gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库.zip

  2. gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库 注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。 这个存储库的内容是 100%开放源码的，并在 BSD 3-Clau

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-09-18
    • 文件大小：67108864
    • 提供者：weixin_38743737

  1. gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库.zip

  2. gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库 注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。 这个存储库的内容是 100%开放源码的，并在 BSD 3-Clau

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2019-10-10
    • 文件大小：67108864
    • 提供者：weixin_38743968

  1. Hopla:简化的duotrio分析和系谱单倍型-源码

  2. 霍普拉的目标 Hopla通过研究单个（多样本）vcf文件，最终生成交互式可视化图像，从而使经典的基因组单，二重，三重等分析成为可能。 此外，在可能的情况下，Hopla会通过执行离线谱系单倍型设计。 除了进行产后分析外，它的全包输出可在植入前基因测试期间选择胚胎，从而最终使受影响家庭中的健康儿童分娩。 “ Hopla”这个名字源于既是“单曲”字谜又是受欢迎的儿童电视节目。 输入 （多样本）vcf.gz文件（在我们的测试中，通过bcbio使用gatk-haplotype和gatk-haplotype

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-26
    • 文件大小：17825792
    • 提供者：weixin_42126274

  1. mycosnp-bwa-pre-process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品，以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用-源码

  2. MycoSNP：BWA预处理 概述 该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流，该工作流由十个步骤组成： 如果提供了多个通道，则合并FASTQ文件通道。 使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。 修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。 对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。 使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。 使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。 使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁B

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-21
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42128963

  1. sentieon-matching-performance:Sentieon GATK匹配工具的准确性和运行时基准-源码

  2. Sentieon匹配性能 Sentieon GATK匹配工具的准确性和运行时基准。 流水线 -Sentieon DNAseq管道与GATK最佳实践管道匹配，用于种系变异调用。 -Sentieon TNseq管道与GATK最佳实践管道匹配，用于体变体调用。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-20
    • 文件大小：94208
    • 提供者：weixin_42173218

  1. gatk-sv-源码

  2. GATK-SV 用于Illumina短读全基因组测序（WGS）数据的结构变异发现管道。 目录 原始呼叫者和证据收集 批量质量控制 -gCNV模型创建 批量证据合并，BAF生成和深度调用者 网站集群 网站指标 过滤 跨批次站点合并 基因分型 基因型优化（可选） 跨批次集成，复杂事件解决和VCF清理 下游过滤 注释 质量控制和可视化 附加模块-Mosaic和de novo 部署和执行： 一个帐户。 支持（WDL）的流执行系统，可以： （v36或更高版本）。强烈建议使用专用服务器。 或 （请注意，此平

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-19
    • 文件大小：15728640
    • 提供者：weixin_42112894

  1. WGSpipe-nf:WGSWES数据分析的简便快捷管道-源码

  2. WGSpipe-nf 用于WGS / WES数据分析的简便快捷管道 快速开始 -STEP01：-为管道安装下一个流程： curl -s https://get.nextflow.io | bash OR INSTALL WITH CONDA : conda install nextflow -该管道基于一个nextflow DSL2，因此您可以运行nextflow自更新以将NEXTFLOW更新为新版本 -STEP02：-CONDA环境部署（可选）：要求（fastqc，fastp，mult

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：21504
    • 提供者：weixin_42114041

  1. Bioinfo-Scripts:由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据-源码

  2. 生物信息脚本 由Kovach实验室开发和使用的脚本记录，用于处理测序数据。 到目前为止，该存储库包括： 1.）Bio​​informaticBookkeepingSlurmTemplate.sh-一个示例Slurm调度程序模板，用于生成生物信息“纸迹”并更有意义地重命名Slurm输出记录。 2.）DataPreProcessingscr ipt.sh-用于在新排序的数据上创建fastqc报告的脚本，用于在需要时仔细检查所用适配器的可选代码，以及用于质量修整适配器以及使用UNH的Premis

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-14
    • 文件大小：16384
    • 提供者：weixin_42139252

  1. CallVars：CallVars是一种自动的NGS工作流程，可将配对末端的样品FastQ直接带到感兴趣的少数临床相关变体（SNPs + Indels）-源码

  2. CallVars： CallVars是一个自动化，可复制且可扩展的Snakemake工作流程，它采用成对末端的FastQ文件，其中包含来自目标基因组的下一代测序（NGS）数据/读取以及来自Illumina机器的整个外显子组，直接进入导致高可信度疾病的过滤列表/相关变体进行临床评估，以进行疾病诊断/治疗或预测疾病风险。 该工作流基于准则，即针对单个样品的种系短变异发现（SNP + Indel），并使用基因组分析工具包（GATK）v4.1.9.0。 CallVars配置为使用“ config.y

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-23
    • 文件大小：2097152
    • 提供者：weixin_42120550

  1. fastq_to_bam_paired_snakemake：遵循GATK最佳做法的蛇形将配对的fastq文件转换为可分析的bams-源码

  2. fastq_to_bam_paired_snakemake 遵循GATK最佳做法，将成对的fastq文件转换为可分析的bams的snakemake。 该存储库包含运行snakemake所需的所有文件夹。 由于GitHub不允许空文件夹，所以results /和logs / cluster /当前包含占位符文件，但是将此存储库结构复制到服务器后，可以从服务器中删除这些占位符文件。 要运行snakemake，请按照这些文件中的说明更新config / samples.yaml和config /

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-18
    • 文件大小：6144
    • 提供者：weixin_42113794
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