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  1. 高通量测序DNA样品制备

  2. Illumina 官方文库制备方法,讲述了如何将基因组DNA制备成适用于二代测序的library样品。
  3. 所属分类:教育

    • 发布日期:2012-03-15
    • 文件大小:44032
    • 提供者:gracehorse
  1. SOPRA for scaffolding

  2. Assembler for mate pair/paired-end reads from high throughput sequencing platforms, e.g. Illumina and SOLiD.
  3. 所属分类:医疗

    • 发布日期:2013-06-04
    • 文件大小:624640
    • 提供者:jjjscuedu
  1. Illumina_、454_、ABI_测序仪比较

  2. Illumina_、454_、ABI_测序仪比较
  3. 所属分类:专业指导

    • 发布日期:2014-11-19
    • 文件大小:203776
    • 提供者:qq_19676059
  1. Data.Algorithms.Recipes.for.Scaling.Up.with.Hadoop.and.Spark.1

  2. Learn the algorithms and tools you need to build MapReduce applications with Hadoop and Spark for processing gigabyte, terabyte, or petabyte-sized datasets on clusters of commodity hardware. With this practical book, author Mahmoud Parsian, head of
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2015-01-29
    • 文件大小:31457280
    • 提供者:ramissue
  1. trimmomatic 0.36

  2. 去除reads 两端低质量的base, Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2017-11-11
    • 文件大小:131072
    • 提供者:u013224461
  1. Fastqc高通量测序质量控制

  2. 高通量测序下机第一步必备利器,检查reads质量,制定质控策略
  3. 所属分类:医疗

    • 发布日期:2018-05-01
    • 文件大小:9437184
    • 提供者:dkbf123
  1. 深度学习基因数据

  2. 1000个基因组表达数据由来自Illumina RNA SEQ平台的462个淋巴母细胞系样品的基因表达谱〔22〕组成。每个基因的表达水平也基于基因编码V12注释(22)以RPKM格式进行测量。
  3. 所属分类:Hadoop

    • 发布日期:2018-05-26
    • 文件大小:90177536
    • 提供者:qq_27325577
  1. Trimmomatic Manual

  2. Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter,根据碱基质量值修整FASTQ序列文件
  3. 所属分类:讲义

    • 发布日期:2019-03-26
    • 文件大小:330752
    • 提供者:u011262253
  1. Transcriptome sequencing of a highly salt tolerant mangrove species Sonneratia alba using Illumina platform

  2. 基于Illumina平台的高耐盐红树植物杯萼海桑的转录组测序,周仁超,陈素芳,红树植物近年来一直是受到威胁的海洋生物资源,但是基因组和转录组的数据却很少。本研究采用Illumina技术测定了一个高度耐盐的红树�
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-03-13
    • 文件大小:306176
    • 提供者:weixin_38665122
  1. sagawe:从MDA派生的HiMiSeq(重叠)配对末端Illumina库组装单扩增基因组(SAG)的建议工作流程和随附脚本-Source circle

  2. 单扩增基因组-组装工作流程示例(SAG-AWE) 该脚本旨在作为建议的工作流程,用于组装和分析从Illumina Hi- / Mi-Seq配对末端文库衍生的测序“单扩增基因组”。 用户可用的选项很少,并且大多数基础程序均设置为其默认值。 目的是一次生产100个SAG的快速粗糙且可重现的组件。 SAG组装工作流程示例图 根据您选择的选项,有四种组装数据的路径。 T(绿色)-饰边 TN(蓝色)-修整并归一化 TM(黄色)-修剪并合并 TNM(紫色)-修剪,标准化和合并 我们建议使用所有三个选项
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-25
    • 文件大小:28672
    • 提供者:weixin_42139302
  1. bgi2illumina:将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头-源码

  2. bgi2illumina 将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头。 安装 只需运行make: make // this will build a binary make install // this will copy binary into /usr/local/bin 删除现有的“安装”运行 make uninstall 安装 编译过程非常简单,如果出于某些原因您对此比较满意,则可以不使用make进行处理。 用gcc编译源代码: gcc
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-21
    • 文件大小:3072
    • 提供者:weixin_42144201
  1. MetaWorks:MetaWorks是一个灵活的多标记元条形码管道,用于处理从原始fastq.gz文件到分类分配的成对末端Illumina读取-源码

  2. MetaWorks的 MetaWorks由一个conda环境和Snakemake流水线组成,这些流水线将在命令行中运行,以生物信息学方式处理从原始读取到分类分配的Illumina配对末端元条形码。 MetaWorks当前支持许多流行的标记基因扩增子和元条形码:COI(真核生物),rbcL(真核生物,硅藻),ITS(真菌,植物),16S(原核生物),18S(真核生物,硅藻),12S(鱼)和28S(真菌)。 使用RDP分类器进行分类分配,该分类器使用朴素的贝叶斯方法来生成分类分配,并在每个等级上提供
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-14
    • 文件大小:248832
    • 提供者:weixin_42107374
  1. MiSeqDualIndx:处理通过DUAL-INDEXING方法产生的ILLUMINA MISEQ结果的管道-源码

  2. MiSeqDualIndx 改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道 该协议基于Fadrosh等人提到的管道。 (Microbiome,2014年),为github ,也由Alesei Korzshenkov在 。 在这种情况下,将双索引测序方法与在引物设计上使用异质性间隔子相结合,以提高读段的质量。 从1到4的步骤完成了流水线的第一阶段,在该阶段将对末端的读段进行连接,修整和清洗,并将条形码与读段分开。 在Qiime下执行进一步的步骤以完成最终多路分解
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-27
    • 文件大小:9216
    • 提供者:weixin_42131785
  1. trfermikit:发现使用Illumina读取很难找到的VNTR相关DEL-源码

  2. 动机 短读呼叫者错过的大多数SV串联重复: (基于补充数据53和与Mark Chaisson的私人通信)。 这一发现促使我们尝试发现串联重复的新型SV。 范围 由于存在呼叫者来捕获重复单元小于6bps的串联重复序列中的SV(在社区中称为短串联重复序列(STR)),因此我们设计了trfermikit来拾取重复单元大于6bps的串联重复中缺少manta的SV,称为可变数字串联重复(VNTR)。 影响 在这两种情况下,相对于长期阅读的基准通话集,我们在VNTR上评估了trfermikit和manta
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-24
    • 文件大小:13631488
    • 提供者:weixin_42107374
  1. Maslenlab_Thesis:论文代码存储库,用于分析Illumina亚硫酸氢盐测序数据-源码

  2. 马斯伦实验室论文项目 作者:雅各布·古铁雷斯 目录 环境设定 读取对齐 SA1 SA2 细胞反卷积 甲基捕获歧义读富集分析 环境设定 要安装所需的conda环境以执行读取对齐,请运行bash env/conda_env_setup确保未注释创建环境的代码。 将来可以自动执行此操作。 要获取要导出到exacloud节点的环境的source env/conda_env_setup ,请source env/conda_env_setup来激活它。 读取对齐 请参阅dir mcseq_data以获
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-15
    • 文件大小:4194304
    • 提供者:weixin_42140716
  1. 集合体:基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程-源码

  2. 基于CWL的工作流来组装非模型生物的单倍体/二倍体真核生物基因组 该工作流程旨在使用PacBio的长读和Illumina的短读。 该工作流程首先提取,校正,修剪和净化长阅读。 然后将去污的修剪后的读数用于组装基因组,并使用原始读数来对其进行修饰。 接下来,将Illumina的读数清洗并用于进一步抛光所得组件。 最后,使用推断的重复序列对抛光的组件进行遮罩,并消除单倍型。 该工作流程使用BioConda和DockerHub安装所需的软件,因此是完全自动化的。 除最终装配外,工作流程还会在抛光步骤之
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-15
    • 文件大小:393216
    • 提供者:weixin_42168745
  1. easyseq_covid19:自动分析SARS-CoV-2全基因组测序的管道使用EasySeq SARS-CoV-2COVID-19全基因组测序试剂盒获得的Illumina数据-源码

  2. EasySeq RC-PCR SARS-CoV-2 / COVID-19 变体管道V0.3 目录 基本信息 该github存储库包含一个专用于正确分析EasySeq SARS-CoV-2(COVID-19)序列测序数据的自动化管道。 所有验证均使用149 bp或151 bp配对末端读取完成。 简而言之: 自动化管道可将Illumina EasySeq COVID-19样品分析为变异报告 管道清理Illumina测序数据 使用SARS-CoV-2参考基因组(NC_045512.2) 自定义E
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-09
    • 文件大小:19922944
    • 提供者:weixin_42153801
  1. SARS-CoV2-variant-calling-example:一个具有教育意义的示例,该示例使用SARS-CoV2基因组,使用带有短读Illumina数据的调用变体-源码

  2. SARS-CoV2变量调用示例 该存储库包含用于对SARS-CoV2数据执行示例变体调用分析的代码和指令。 分析中使用的所有数据均可公开获得。 步骤1 下载并安装 第2步 克隆此存储库: git clone https://github.com/davidecarlson/SARS-CoV2-variant-calling-example.git 第三步 使用提供的环境文件,使用此分析中所需的软件创建新的conda环境: conda env create -f environment.ya
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-08
    • 文件大小:48128
    • 提供者:weixin_42141437
  1. sc2-illumina-pipeline:CZ Biohub上用于SARS-CoV-2测序的生物信息学管道-源码

  2. SARS-CoV-2共识基因组管道 该管道从fastq文件生成共识SARS-CoV-2基因组。 我们将其用于以下类型的测序数据: 丰富的SARS-CoV-2读本的元基因组测序( )。 基于扩增子的短读测序(使用ARTIC v3协议)。 典型用法 为了从阅读中生成共有基因组: nextflow run czbiohub/sc2-illumina-pipeline -profile artic,docker \ --reads '[s3://]path/to/reads/*_R{1,
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-01-31
    • 文件大小:10485760
    • 提供者:weixin_42125192
  1. illumina广告genomic-selection-in-agriculture.pdf

  2. illumina广告genomic-selection-in-agriculture.pdf
  3. 所属分类:spark

    • 发布日期:2021-01-20
    • 文件大小:773120
    • 提供者:JessePeng2018
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