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  1. iTools_Code 20120514

  2. 生物基因组 重测序的 工具包 ./iTool -h 看help 共有10 部分组成,别如下: Fatools Tools For Fasta Fqtools Tools For Fastq SOAPtools Tools For SOAP CNStools Tools For CNS Xamtools Tools For Sam,Bam Gfftools Tools For Gff Formtools Tools For Form convert Filetools Tools For Fil
  3. 所属分类:C++

    • 发布日期:2012-05-14
    • 文件大小:12582912
    • 提供者:swimming38
  1. Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)

  2. Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2016-06-08
    • 文件大小:6144
    • 提供者:huyongfeijoe
  1. FASTQ格式命令行工具Fqutils.zip

  2. Fqutils提供了一套基本的生物信息学序列数据FASTQ格式与命令行工具。格雷格·汉农的优良Fastx工具包套件的补充。的是,它正确地处理FASTQ格式发布的标准,该标准明确允许多行序列和质量得分记录信息每所描述的特征之一,Fqutils。 fqutils旨在作为早期部分postsequencing管道和质量评估进程的一部分,是有用的。 Fqutils provides a basic set of bioinformatics commandline tools for working w
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2019-07-18
    • 文件大小:278528
    • 提供者:weixin_39841848
  1. Python-从Python高效处理FASTQ文件

  2. 从Python高效处理FASTQ文件
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2019-08-10
    • 文件大小:32768
    • 提供者:weixin_39841856
  1. MutScan, 直接扫描FastQ文件检测和可视化目标突变.zip

  2. MutScan, 直接扫描FastQ文件检测和可视化目标突变 MutScan直接扫描FastQ文件检测和可视化目标突变特性应用程序方案快速浏览一下。下载,编译和安装。HTML报告JSON报告所有选项自定义你的变异文件。与 bam/cram一起工作。备注引用 MutScan
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2019-09-17
    • 文件大小:337920
    • 提供者:weixin_38744270
  1. AfterQC, fastq数据的自动过滤裁剪误差去除及质量控制.zip

  2. AfterQC, fastq数据的自动过滤裁剪误差去除及质量控制 AfterQCfastq数据的自动过滤。裁剪。误差去除及质量控制AfterQC 可以简单地浏览文件夹中的所有fastq文件,然后输出三个文件夹: 好。坏和QC文件夹,包含好读。坏读和每个fastq文件/对的QC结果。目前它支
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2019-09-17
    • 文件大小:400384
    • 提供者:weixin_38743506
  1. 维基百科:FASTQ格式

  2. 来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了,特在此分享。
  3. 所属分类:医疗

    • 发布日期:2021-03-22
    • 文件大小:898048
    • 提供者:devshilei
  1. bgi2illumina:将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头-源码

  2. bgi2illumina 将FASTQ记录的BGI排序的标头转换为与Illumina兼容的标头。 安装 只需运行make: make // this will build a binary make install // this will copy binary into /usr/local/bin 删除现有的“安装”运行 make uninstall 安装 编译过程非常简单,如果出于某些原因您对此比较满意,则可以不使用make进行处理。 用gcc编译源代码: gcc
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-21
    • 文件大小:3072
    • 提供者:weixin_42144201
  1. fastQ-Translator:尝试在Python中制作高效且准确的fastQ转换器-源码

  2. fastQ-翻译器 试图用Python制作高效,准确的fastQ转换器。 资源: 方法 在该翻译程序的整个开发过程中,我一直在使用各种方法编写的Jupyter文件。 FastQ.py 我的BME160最终版本中的OG文件。 newFastQ.py 正在进行中的新翻译器。 FastQ文件: 用于测试翻译器的FastQ文件。 Galaxy1.solexa.fastq(Solexa) illumina1.3.fastq(P64 / P64B) illumina1.8.fastq(P33)
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-19
    • 文件大小:6291456
    • 提供者:weixin_42135773
  1. MetaWorks:MetaWorks是一个灵活的多标记元条形码管道,用于处理从原始fastq.gz文件到分类分配的成对末端Illumina读取-源码

  2. MetaWorks的 MetaWorks由一个conda环境和Snakemake流水线组成,这些流水线将在命令行中运行,以生物信息学方式处理从原始读取到分类分配的Illumina配对末端元条形码。 MetaWorks当前支持许多流行的标记基因扩增子和元条形码:COI(真核生物),rbcL(真核生物,硅藻),ITS(真菌,植物),16S(原核生物),18S(真核生物,硅藻),12S(鱼)和28S(真菌)。 使用RDP分类器进行分类分配,该分类器使用朴素的贝叶斯方法来生成分类分配,并在每个等级上提供
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-14
    • 文件大小:248832
    • 提供者:weixin_42107374
  1. G-FQZip:使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩

  2. G-FQZip:使用GPU对FASTQ文件进行无损基于参考的压缩
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-06
    • 文件大小:338944
    • 提供者:weixin_38620741
  1. 鸭子:FASTQ多路分解器-源码

  2. 鸭子 FASTQ解复用器 建筑 您可以使用两种方法来构建ducks :装配罐或本地图像。 您可能想要在构建任何东西之前先检查最新版本。 $ git checkout v0.1.0 组装罐 要制作一个装配罐,您需要 。 跑: $ sbt assembly 这将在target/scala-2.13生成一个jar,名称为ducks-0.1.0-assembly.jar 。 您可以运行该程序,然后使用: $ java -jar target/scala-2.13/ducks-0.0.1-asse
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-25
    • 文件大小:20480
    • 提供者:weixin_42132354
  1. CallVars:CallVars是一种自动的NGS工作流程,可将配对末端的样品FastQ直接带到感兴趣的少数临床相关变体(SNPs + Indels)-源码

  2. CallVars: CallVars是一个自动化,可复制且可扩展的Snakemake工作流程,它采用成对末端的FastQ文件,其中包含来自目标基因组的下一代测序(NGS)数据/读取以及来自Illumina机器的整个外显子组,直接进入导致高可信度疾病的过滤列表/相关变体进行临床评估,以进行疾病诊断/治疗或预测疾病风险。 该工作流基于准则,即针对单个样品的种系短变异发现(SNP + Indel),并使用基因组分析工具包(GATK)v4.1.9.0。 CallVars配置为使用“ config.y
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-23
    • 文件大小:2097152
    • 提供者:weixin_42120550
  1. fastq_to_bam_paired_snakemake:遵循GATK最佳做法的蛇形将配对的fastq文件转换为可分析的bams-源码

  2. fastq_to_bam_paired_snakemake 遵循GATK最佳做法,将成对的fastq文件转换为可分析的bams的snakemake。 该存储库包含运行snakemake所需的所有文件夹。 由于GitHub不允许空文件夹,所以results /和logs / cluster /当前包含占位符文件,但是将此存储库结构复制到服务器后,可以从服务器中删除这些占位符文件。 要运行snakemake,请按照这些文件中的说明更新config / samples.yaml和config /
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-18
    • 文件大小:6144
    • 提供者:weixin_42113794
  1. rna-dge-salmon-deseq2:使用Salmon,tximport和DESeq2对FastQ文件执行差异分析-源码

  2. rna-dge-salmon-deseq2 使用Salmon,tximport和DESeq2对FastQ文件执行差异分析 在上查看完整的文档
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-15
    • 文件大小:3145728
    • 提供者:weixin_42097668
  1. genozip:用于基因组文件(FASTQ,SAMBAM,VCF,FASTA,GVF,23andMe ...)的压缩器,比gzip压缩多达5倍,并且速度也更快-源码

  2. Genozip (可在Conda , Docker Hub和) Genozip是一种用于基因组文件的压缩器-虽然它可以压缩任何文件(即不仅是基因组文件),但它经过优化可以压缩FASTQ,SAM / BAM / CRAM,VCF / BCF,FASTA,GVF,Phylip和23andMe文件。 如果它们已经使用.gz .bz2 .xz进行压缩,它甚至可以对其进行压缩(有关受支持的文件类型的完整列表,请参见'genozip --help = input')。 压缩率取决于要压缩的数据,通常,压缩
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-15
    • 文件大小:3145728
    • 提供者:weixin_42150341
  1. htseq2multx:包装到fastq-multx使其具有模仿条形码的拆分器,从而轻松地与Princeton的HTSEQ Web界面集成-源码

  2. htseq2multx 包装到使其具有,从而轻松地与Princeton的 Web界面集成。 描述 Princeton 软件可访问的产生的数据。 它提供了用于上游分析和数据下载/传输的功能。 支持的功能的是对合并的测序样本进行多路分解。 此功能的最初实现使用内部Python工具,该工具以解释性脚本语言Python编写,称为 。 条码分割器的性能似乎受I / O约束,因此随着样本容量的增加和成本的下降,事实证明它不能很好地扩展。 是用C编写的多路分解工具,其运行速度比快几个数量级。 由于与高度
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-14
    • 文件大小:74752
    • 提供者:weixin_42154650
  1. Fastq过滤器-源码

  2. Fastq过滤器
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-08
    • 文件大小:1024
    • 提供者:weixin_42153801
  1. FASTX.jl:解析和处理生物序列的FASTA和FASTQ格式的文件-源码

  2. FASTX.jl:解析和处理生物序列的FASTA和FASTQ格式的文件
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-04
    • 文件大小:58368
    • 提供者:weixin_42115074
  1. personal-genome-processing-pipeline:用于单个先证者的原始全基因组测序读取(FASTQ)的变体调用和注释的基本工作流程-源码

  2. 个人基因组处理管道 介绍 这种WGS处理/分析工作流程的灵感来自Dante Labs公司接收的临床级全基因组序列(Illumina NovaSeq)。 Dante Labs为客户提供对齐方式(作为BAM文件)和变体调用(以SNP,indel和CNV VCF文件的形式),而所有这些处理后的文件均与GRCh37(hg19)对齐,而不是最新的人类基因组构建(GRCh38或hg38)。 虽然可以更简单地使用UCSC LiftOver将hg19坐标提升到hg38,但此工作流程既是一种学习练习,又可以提供一
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-31
    • 文件大小:8192
    • 提供者:weixin_42110533
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