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  1. Python分水岭细胞图像分割

  2. 通过分水岭算法分割细胞图像的python实现,可以直接使用,需要安装有openCV、mahotas、numpy、matplotlib包,然后python的版本最好是3.x,容易看不懂的地方都加了注释。
  3. 所属分类:图像处理

    • 发布日期:2019-04-14
    • 文件大小:2048
    • 提供者:yitanjiong4414
  1. 基于主凹点检测的血细胞图像去粘连分割算法研究

  2. 针对医学中血细胞图像研究中粘连细胞难以分割的问题,提出一种基于主凹点检测的分割算法。通过滤波预处理去除图像的噪声以改善图像质量,基于改进的活动轮廓模型初步提取细胞轮廓,通过寻找主凹点的方法准确定位粘连细胞凹点位置,标记并融合细胞图像轮廓、粘连形状等特性,实现粘连细胞分离。实验结果表明,该方法具有很好的分割准确度和完整度,且该算法具有普适性。
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-10-16
    • 文件大小:577536
    • 提供者:weixin_38640473
  1. 基于ECCC的细胞图像分割算法

  2. 针对粘连细胞图像,提出ECCC(Eleven Components Chain Code)链码分割算法。首先对细胞边缘二值图像进行链码统计和边缘拐点检测,新算法对Freeman链码进行了改进,在链码中加入表示边缘拐点的新的链码元素,然后计算边缘拐点的链码差来筛选真实分割点,最后对分割点线性插值实现粘连细胞分割。实验结果表明,针对2粘连和3粘连细胞,ECCC法的分割成功率分别为100%和98%,平均耗时分别为0.42 s和0.67 s,比传统链码分割法减少了近55%的计算量,在复杂的细胞图像分割中
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2020-10-16
    • 文件大小:432128
    • 提供者:weixin_38685793
  1. ENIGMA:ENIGMA工具箱是一个开放源代码存储库,可访问100多个ENIGMA统计图,可视化皮质和皮质下表面数据,并将神经影像学发现与微观和宏观的大脑组织相关联。 :cowboy_hat_face:-源码

  2. ENIGMA工具箱 ENIGMA TOOLBOX是一个开放源代码存储库,用于( i )访问1​​00多个ENIGMA衍生的统计图,( ii )可视化和处理皮层和皮层下表面数据,以及( iii )在微观范围内对神经影像学发现进行情境化(使用死后基因表达和细胞结构) )和宏(使用结构和功能连接图集数据)。 文献资料 :memo: 在上查看我们的可扩展在线文档,以了解如何: 在Python或Matlab中安装工具箱 从多个ENIGMA工作组加载100多个病例对照数据集 进行跨领域分析 导入自己的数
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-12
    • 文件大小:90177536
    • 提供者:weixin_42112658
  1. Counting-with-Focus-for-Free:免费计算重点代码,ICCV,2019年-源码

  2. 专注于免费计数 我们的方法概述 要求 1. CUDA 8.0和Cudnn 7.5或更高版本2. GPU内存10GB或更高3. Python 2.7 4. Tensorflow 1.04或更高版本 数据预处理 数据集 1.上海科技大学A部分和B部分2.特兰科斯3.都柏林细胞计数4.脸部较宽5. UCF-QNRF 密度图生成 根据等式(1)和(7),对于具有密集对象的数据集,即ShanghaiTech Part_A,TRANCOS和UCF-QNRF,我们使用建议的beta = 0.3和k = 5
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-10
    • 文件大小:63488
    • 提供者:weixin_42118770
  1. EmbryoSeg:使用SmartSeeds的多个接触动物胚胎细胞的分割工具-源码

  2. 胚胎节 使用SmartSeeds的多个接触动物胚胎细胞的分割工具 用法 检查。 检查。 要求 Python 3.9及更高版本。 安装 pip install embryoseg 执照 根据MIT许可。 请参阅。 作者 Varun Kapoor
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-03-07
    • 文件大小:15728640
    • 提供者:weixin_42133899
  1. PyEcoLib:用于模拟大肠杆菌随机大小动态的python库-源码

  2. PyEcoLib PyEcoLib(用于大肠杆菌大小动态估计的Python库)是用于估计细菌细胞大小随机动态(包括时间连续生长过程和分裂事件)的库。 阅读有关模拟器背后理论。 PyEcoLyb的一些基本用法: 根据可测量的参数(例如生长速率,平均细胞大小和分裂步骤数)以任意精度估算大肠杆菌的随机分裂时间。 这些时间可以与用于基因表达的任何随机模拟算法相结合。 对连续生长和分裂细菌的平均值和大小分布的方差系数进行动态估算。 根据参数计算不同分割策略(加法器,类似计时器,类似大小调整器)
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-28
    • 文件大小:157286400
    • 提供者:weixin_42113380
  1. live-cell_image_processing-源码

  2. 活细胞图像处理 作者: Asma Chalabi,在开发的代码 注意1:这两个管道都是使用Anaconda平台的Spyder软件在Python 3.7下开发的。 注意2: deep_learning_image_analysis管道仍在开发中。 两条管线都对活细胞显微镜堆栈进行分析,将堆栈分成不同的通道,然后分别对它们进行处理。 1. cell_death_analysis 该管道基于“经典”图像处理方法。 它使用高斯平滑来减少噪声。分割通过二进制阈值执行,然后进行分水岭分割。 使用此
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-26
    • 文件大小:13631488
    • 提供者:weixin_42100129
  1. hpa-scc:人类蛋白质图集-单细胞分类-源码

  2. 肝癌 Python脚本 文件 描述 生产 descr iptions.csv 类的文本标签 hpa-scc.wpr Python项目 logs.py 从培训/测试中分析日志文件 segment.py 使用HPA细胞分割器分割图像 split.py 将数据划分为训练和验证 火车 建立和训练神经网络 尖刺 分析标签 查找只有一个标签的图像 CellSegmenterTest.py HPA细胞细分演示 encoding.py 编码范例 otsu.py 使用Otsu的方法分割图像 分水岭
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-25
    • 文件大小:59392
    • 提供者:weixin_42133329
  1. 面向生物学家的DeepLearningBasedSegmentationForBiologists:为期3天的讲习班,教生物学家如何通过全面的图像分析管道对2D复用图像进行免疫分析的训练和处理深度卷积神经网络以进行图像分割-源码

  2. 基于生物学的深度学习细分 深度学习在显微镜下显示出惊人的分割结果,胜过所有现有方法。 尽管许多法规是公开可用的,但它们需要大多数生物学家所缺乏的专业知识。 该研讨会的目的是学习如何通过一个全面的图像分析管道来对2D复用图像进行免疫分析,从而训练和处理深度卷积神经网络以进行图像分割。 更具体地说,参与者将学习如何安装python软件包和运行Jupyter笔记本,使用ImageJ插件Annotater手动注释图像,训练深度学习分类器,并使用它们来分割组织和细胞核,识别细胞标记,批处理图像并使用它们进
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-16
    • 文件大小:460324864
    • 提供者:weixin_42099530
  1. 心脏MRI-s-Segmentation:使用Azure机器学习服务来了解神经网络如何解决医学成像问题。 使用转置卷积神经网络。 使用Keras和TensorFlow 2分析图像数据并获得分割模型(UNET)-源码

  2. 语言 产品 描述 Python Azure机器学习服务 Tensorflow 2.0 心脏MRI的图像分割TensorFlow模型 带有Azure机器学习服务和TensorFlow的图像分割心脏MRI 有多种重要的图像分析深度学习应用程序,它们不仅需要检测图像中的单个对象,还需要将图像分割成感兴趣的空间区域。 例如,在医学图像分析中,分离与不同类型的组织,血液或异常细胞相对应的像素通常很重要,这样我们就可以隔离特定器官。 在这个自定进度的动手实验中,我们将使用机器学习框架来使用医学图像数据
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-14
    • 文件大小:1048576
    • 提供者:weixin_42151373
  1. ImcSegmentationPipeline:基于像素分类的多路图像分割管线-源码

  2. 基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线 介绍 该管道基于用于分割的CellProfiler( ,已测试v4.0.6)和用于像素分类的Ilastik( ,已测试v1.3.5)。 通过使用专门开发的imctools python软件包( ,> v2.1)以及自定义CellProfiler模块( ,版本v4)可以简化此过程.2.1)。 该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序,我们建议使用Snakemake实现: : 该管道是在苏黎世大学的Bo
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-06
    • 文件大小:5242880
    • 提供者:weixin_42131414
  1. WSISPDR:在MICCAI2019中通过检测响应的传播来弱监督细胞实例分割-源码

  2. 弱监督的细胞实例分割通过从检测响应传播 西村一也(Kazuya Nishimura),柯达菲·埃尔默(Ker Dai Fei Elmer),龙马·比色(Ryoma Bise) 先决条件 CPU或GPU(NVIDIA驱动程序> = 430) 安装 Python设置 conda用户 conda env create -f=requirement.yml conda activate pytorch Docker用户 docker build ./docker sh run_docker.sh
  3. 所属分类:其它

    • 发布日期:2021-02-04
    • 文件大小:53477376
    • 提供者:weixin_42098892