GraphSite
GraphSite是一款基于深度学习的软件,可对蛋白质上的配体结合位点进行分类。它通过Pytorch和Pytorch-geometric实现。在训练期间,将结合位点动态转换为包含空间和化学特征的图形。然后在绑定袋的图形表示上训练定制的图形神经网络(GNN)分类器。下图说明了从装订袋(A)到图形(B)的转换:
如果您在工作中使用此仓库,请引用我们的论文:)
Currently under peer review
数据集
该数据集由21,125个装订袋组成,这些装袋袋分为14
元模糊
Fuzzer使用argv信息运行,并使用k-means聚类对种子进行分组。
Written and maintained by zodf0055980
Based on American Fuzzy Lop by Michal Zalewski
技术
Yuan-fuzz是一种模糊器,它在名为arg_gen的附加模糊化阶段中实现了一种生成argv的技术。 它可以帮助模糊具有很多argv可以使用的二进制目标。
而且我还使用k-means聚类到种子池中的组来改善种子选择,例如 。