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搜索资源列表

  1. 高通量测序DNA样品制备

  2. Illumina 官方文库制备方法，讲述了如何将基因组DNA制备成适用于二代测序的library样品。

  3. 所属分类：教育

    • 发布日期：2012-03-15
    • 文件大小：44032
    • 提供者：gracehorse

  1. Illumina_、454_、ABI_测序仪比较

  2. Illumina_、454_、ABI_测序仪比较

  3. 所属分类：专业指导

    • 发布日期：2014-11-19
    • 文件大小：203776
    • 提供者：qq_19676059

  1. Fastqc高通量测序质量控制

  2. 高通量测序下机第一步必备利器，检查reads质量，制定质控策略

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2018-05-01
    • 文件大小：9437184
    • 提供者：dkbf123

  1. Transcriptome sequencing of a highly salt tolerant mangrove species Sonneratia alba using Illumina platform

  2. 基于Illumina平台的高耐盐红树植物杯萼海桑的转录组测序，周仁超，陈素芳，红树植物近年来一直是受到威胁的海洋生物资源，但是基因组和转录组的数据却很少。本研究采用Illumina技术测定了一个高度耐盐的红树�

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-03-13
    • 文件大小：306176
    • 提供者：weixin_38665122

  1. Vertical Distribution of Bacterial Community Diversity and Water Quality during the Reservoir Thermal Stratification

  2. 水源水库热分层诱导水质和细菌种群结构垂向演替特征研究，张海涵，黄廷林，本研究运用Illumina Miseq高通量测序技术分析了季节性热分层型水源水库水质和水体细菌种群结构多样性垂向演替特征，水样采自0.5、5、10�

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-03-01
    • 文件大小：498688
    • 提供者：weixin_38743602

  1. 与甜瓜性别分化相关植物激素Pathway分析

  2. 与甜瓜性别分化相关植物激素Pathway分析，盛云燕，刘识，以甜瓜重组自交系群体为研究对象，对群体中雌雄异花同株及全雌系家系转录组进行Illumina测序，比较差异表达基因，挖掘与性别相关激�

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-02-20
    • 文件大小：587776
    • 提供者：weixin_38693589

  1. Analyses of global transcriptomics and metabolic network on longan (Dimocarpus longan Lour.) embryogenic callus by Illum

  2. 利用Illumina测序技术进行龙眼胚性愈伤组织的转录组学和代谢网络分析，赖钟雄，林玉玲，本研究利用龙眼体胚发生模式系统及高通量测序技术Illumina，对龙眼胚性愈伤组织进行转录组学研究。共获得64, 876,258条clean reads，总碱基

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2020-01-03
    • 文件大小：1047552
    • 提供者：weixin_38535364

  1. 测序技术的原理详解版.pdf

  2. 个人总结的测序技术历史介绍，以及三代测序的原理详细描述版本，上传共享。一代测序：化学降解，Sanger测序；二代测序：illumina测序平台，SOLID测序平台；三代测序：PacBio SMRT技术，Ion Torrent 测序

  3. 所属分类：讲义

    • 发布日期：2020-07-20
    • 文件大小：701440
    • 提供者：qq_44148087

  1. sliverworkspace-community.tar.gz

  2. SliverWorkspace — 下一代图形化生信分析系统 为您提供灵活而强大的功能: 基于Shell的图形化流程设计器,10min完成pipeline设计 图形显示的实时流程运行控制与时间统计 支持单台服务器到Torque/PBS、Slurm集群平滑升级与扩展 分析结果数据库存储，海量数据储存备份 可灵活编辑的基于Office Word语法格式的报告模板，无需编程实现 全自动完成:整合Illumina测序仪数据拆分>数据分析>分析结果/报告 多账户、多角色灵活配置、业务数据灵

  3. 所属分类：医疗

    • 发布日期：2020-09-18
    • 文件大小：131072000
    • 提供者：weixin_39900139

  1. sagawe:从MDA派生的HiMiSeq（重叠）配对末端Illumina库组装单扩增基因组（SAG）的建议工作流程和随附脚本-Source circle

  2. 单扩增基因组-组装工作流程示例（SAG-AWE） 该脚本旨在作为建议的工作流程，用于组装和分析从Illumina Hi- / Mi-Seq配对末端文库衍生的测序“单扩增基因组”。 用户可用的选项很少，并且大多数基础程序均设置为其默认值。 目的是一次生产100个SAG的快速粗糙且可重现的组件。 SAG组装工作流程示例图 根据您选择的选项，有四种组装数据的路径。 T（绿色）-饰边 TN（蓝色）-修整并归一化 TM（黄色）-修剪并合并 TNM（紫色）-修剪，标准化和合并 我们建议使用所有三个选项

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-25
    • 文件大小：28672
    • 提供者：weixin_42139302

  1. micropipe:使用ONT测序构建高质量细菌基因组的管道-源码

  2. microPIPE：使用ONT和Illumina测序进行高质量细菌基因组构建的管道 microPIPE的开发是使用牛津纳米Kong测序与Illumina测序相结合，自动完成高质量的完整细菌基因组组装。 为了构建microPIPE，我们在细菌基因组组装的每个步骤（包括碱基检出，组装和抛光）中评估了几种工具的性能。 使用高质量的ST131大肠杆菌菌株EC958（GenBank：HG941718.1）验证每个步骤的结果。 在评估了每个步骤之后，我们选择了最佳工具组合，以实现最一致和最优质的细菌基因组

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-17
    • 文件大小：59768832
    • 提供者：weixin_42164702

  1. MiSeqDualIndx：处理通过DUAL-INDEXING方法产生的ILLUMINA MISEQ结果的管道-源码

  2. MiSeqDualIndx 改进的DUAL-INDEXING方法处理ILLUMINA MISEQ结果的管道 该协议基于Fadrosh等人提到的管道。 （Microbiome，2014年），为github ，也由Alesei Korzshenkov在 。 在这种情况下，将双索引测序方法与在引物设计上使用异质性间隔子相结合，以提高读段的质量。 从1到4的步骤完成了流水线的第一阶段，在该阶段将对末端的读段进行连接，修整和清洗，并将条形码与读段分开。 在Qiime下执行进一步的步骤以完成最终多路分解

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-27
    • 文件大小：9216
    • 提供者：weixin_42131785

  1. 通过深度测序揭示植物中发育和环境响应中的交替聚腺苷酸化作用而产生的转录组动力学

  2. 聚腺苷酸化位点标记mRNA转录物的末端。 替代的聚腺苷酸化（APA）可能会改变序列元素和/或转录本的编码能力，该机制已被证明可调节基因表达和转录组多样性。 为了研究APA在转录组动力学中的作用，我们分析了RNA的大规模数据集表示聚（A）位点和mRNA表达水平的“标签”。 这些标签来自突变或暴露于环境处理的各种组织和发育阶段，并使用基于数字基因表达（DGE）的大规模平行签名测序（MPSS-DGE）和Illumina合成测序方案生成（SBS-DGE）测序平台。 数据提供了APA的全局视图以及它如何促

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-23
    • 文件大小：815104
    • 提供者：weixin_38645208

  1. RegAssembler：RegAssembler是采用强大的回归和重新采样技术的基因组组装程序-源码

  2. 曹圣浩＆李雷敏版权所有:copyright:2021。 中国科学院数学与系统科学研究院，北京100190 RegAssembler 1.简介 RegAssembler是采用稳健的回归和重新采样技术的基因组组装器。 当前版本是专为使用Illumina测序读数高信度重建SARS-CoV-2基因组而设计的。 2.安装 您可以通过以下命令下载软件包： git clone https://github.com/csh3/RegAssembler.git 然后在RegAssembler目录中运行管道。

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-22
    • 文件大小：23552
    • 提供者：weixin_42127783

  1. jcmDNAtools：基于pythonpandas的实用程序，用于分析高通量DNA测序数据-源码

  2. DNA分类器 我将NLP分类器代码与生物信息学代码结合在一起，以识别参考基因组中重复出现的DNA图案，并训练神经网络在两个样本之间进行分类。 1.learnMotifs.py研究了两个参考基因组并确定了指定长度的前100个重复基序 2.tokenizeFastQ.py适用于fastA或fastQ原始数据格式，并使用1中的主题对其进行标记化 3.trainDNAclassifier.py接受来自2的标记化数据，并训练神经网络在两者之间进行分类。 这提供了程序上可扩展的数据管道，可以直接从Ill

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-21
    • 文件大小：14680064
    • 提供者：weixin_42131890

  1. easyseq_covid19：自动分析SARS-CoV-2全基因组测序的管道使用EasySeq SARS-CoV-2COVID-19全基因组测序试剂盒获得的Illumina数据-源码

  2. EasySeq RC-PCR SARS-CoV-2 / COVID-19 变体管道V0.3 目录 基本信息 该github存储库包含一个专用于正确分析EasySeq SARS-CoV-2（COVID-19）序列测序数据的自动化管道。 所有验证均使用149 bp或151 bp配对末端读取完成。 简而言之： 自动化管道可将Illumina EasySeq COVID-19样品分析为变异报告 管道清理Illumina测序数据 使用SARS-CoV-2参考基因组（NC_045512.2） 自定义E

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-09
    • 文件大小：19922944
    • 提供者：weixin_42153801

  1. viralrecon：汇编和宿主内低频变体，需要病毒样品-源码

  2. 介绍 nfcore / viralrecon是一种生物信息学分析管道，用于执行组装和宿主内/低频变异检测病毒样品。 该管道支持散弹枪（例如，直接从临床样品直接测序）和基于富集的文库制备方法（例如，基于扩增子的；或基于探针捕获）的短读Illumina测序数据。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 此外，使用AWS云在完整数据集上运行管道的自动化连续集成测试可确保代​​码稳定。 管道摘要

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：1048576
    • 提供者：weixin_42131367

  1. fastv：从测序数据中识别SARS-CoV-2和其他微生物的超快速工具。 该工具可用于检测病毒感染性疾病，例如COVID-19-源码

  2. 快速 fastv是用于从测序数据中识别SARS-CoV-2和其他微生物的超快速工具。 它从FASTQ数据中检测微生物序列，生成JSON报告，并在HTML报告中可视化结果。 该工具可用于检测病毒感染性疾病，例如COVID-19。 该工具支持短读（Illumina，BGI等）和长读（ONT，PacBio等）。 快速浏览内容丰富的报告 示例HTML报告（Illumina）： : HTML报告样本（ONT）： ： 样本JSON报告： : SARS-CoV-2识别快速示例 下载用于测试的FA

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-02-02
    • 文件大小：253952
    • 提供者：weixin_42097508

  1. sc2-illumina-pipeline：CZ Biohub上用于SARS-CoV-2测序的生物信息学管道-源码

  2. SARS-CoV-2共识基因组管道 该管道从fastq文件生成共识SARS-CoV-2基因组。 我们将其用于以下类型的测序数据： 丰富的SARS-CoV-2读本的元基因组测序（ ）。 基于扩增子的短读测序（使用ARTIC v3协议）。 典型用法 为了从阅读中生成共有基因组： nextflow run czbiohub/sc2-illumina-pipeline -profile artic,docker \ --reads '[s3://]path/to/reads/*_R{1,

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-01-31
    • 文件大小：10485760
    • 提供者：weixin_42125192

  1. personal-genome-processing-pipeline:用于单个先证者的原始全基因组测序读取（FASTQ）的变体调用和注释的基本工作流程-源码

  2. 个人基因组处理管道 介绍 这种WGS处理/分析工作流程的灵感来自Dante Labs公司接收的临床级全基因组序列（Illumina NovaSeq）。 Dante Labs为客户提供对齐方式（作为BAM文件）和变体调用（以SNP，indel和CNV VCF文件的形式），而所有这些处理后的文件均与GRCh37（hg19）对齐，而不是最新的人类基因组构建（GRCh38或hg38）。 虽然可以更简单地使用UCSC LiftOver将hg19坐标提升到hg38，但此工作流程既是一种学习练习，又可以提供一

  3. 所属分类：其它

    • 发布日期：2021-03-31
    • 文件大小：8192
    • 提供者：weixin_42110533
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